上海地区血流感染肠杆菌科细菌流行病学及IMP型碳青霉烯酶播散机制研究

来源 :上海交通大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:s83436776
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血流感染(BSIs)是临床最常见的重症感染之一,其发病率和死亡率都呈逐年增长趋势。随着广谱抗菌药物在临床的超负荷使用,细菌耐药己成为全球性感染领域的一大难题,其中产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)、碳青霉烯酶和质粒介导的头孢菌素酶(pAmpC)是十分重要且常见的细菌耐药机制。故调查BSIs病原菌的分布和耐药性、监测耐药基因和耐药株分子特征及探索细菌耐药性播散机制对医院感染的防控治疗和耐药菌的减缓传播都具有不可小觑的临床意义。本研究首先对2015-2016年上海市三家综合性三甲医院:上海交通大学医学院附属瑞金医院(下称瑞金)、上海交通大学附属第一人民医院(下称市一)和上海交通大学附属第六人民医院(下称六院)临床血培养阳性病原菌的分布情况进行调查,发现肠杆菌科细菌的检出率最高(37.6%),其中排名前三的依次是:大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌和阴沟肠杆菌。基于此,我们连续收集并分离保存了2012-2016年三家医院这三种肠杆菌科细菌血液分离非重复株697株,记录相关临床信息,分别进行菌种确认鉴定(VITEK全自动微生物分析系统或MALDI-TOF MS等)、常用临床抗菌药物的药敏试验(纸片扩散法)、耐药基因扩增(ESBLs基因:blaTEM,bla SHV,blaCTX-M(-1,-9 group),blaOXA(-1,-2,-10 group),blaVEB,blaGES,bla PER;碳青霉烯酶基因:bla VIM,blaIMP,blaKPC,blaOXA-48,blaNDM-1等)、分子分型(多位点序列分型[MLST]等)及菌株同源性分析(eBURST软件)等试验。(1)大肠埃希菌:连续收集2013-2014年三家医院引发BSIs的大肠埃希菌,随机分层抽取90株(每家医院30株)纳入研究。这些菌株对青霉素、二三代头孢、氟喹诺酮和四环素类药物的耐药率较高(>60%),对碳青霉烯类、AK、TZP保持低水平耐药(<10%)。其中61株(67.8%)检出ESBLs,未检出产碳青霉烯酶菌株。CTX-M-15(25/61)和CTX-M-14(18/61)是检出率最高的ESBLs型别,大肠埃希菌多归属于系统发生群B2群(39/90,43.3%),其中ESBLs的阳性率也最高。ST131(20/90)是最常见的序列型(ST),也几乎分属于B2群(19/20)。eBURST分析显示无明显流行克隆。(2)肺炎克雷伯菌:连续收集2012-2015年瑞金血培养检出肺炎克雷伯菌,随机分层抽取80株(每年20株)纳入研究。这些菌株对CXM、SAM及PRL耐药率均>50%,对碳青霉烯类耐药率<20%且低于其他类抗菌药物。其中22株(27.5%)ESBLs阳性,最常见的是SHV和CTX-M;14株(17.5%)检出碳青霉烯酶,KPC-2占比最高(13/14),另一株检出NDM-5。ST11(14/80)是最常见的ST,几乎均携带KPC-2(13/14)。eBURST分析表明产KPC-2菌株有明显克隆传播倾向,非产KPC-2菌株无明显的流行克隆。(3)阴沟肠杆菌:连续收集2013-2016年瑞金和六院血培养分离阴沟肠杆菌,共53株全部纳入研究。这些菌株对所有药物耐药率均<40%;其中8株(15.1%)检出ESBLs,3株(5.7%)检出碳青霉烯酶及18株(34.0%)检出pAmpC。SHV(6/8,75.0%)和MIR/ACT(15/18,83.3%)分别是检出率最高的ESBLs和pAmpC型别,有2株阴沟肠杆菌同时检出SHV-12、IMP-26和DHA-1酶。MLST将53株菌区分为51个STs,无常见STs,菌株间同源性低。本研究第二部分收集了瑞金2013年1月至2017年9月对碳青霉烯类(MEM、IPM和ETP)中介或耐药的上述三种细菌血液分离株共65株,其中大肠埃希菌9株、肺炎克雷伯菌51株、阴沟肠杆菌5株。首先对其进行IMP酶筛查,仅有3株阴沟肠杆菌携带blaIMP,大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌中均未检出;后续通过接合试验、质粒抽提、S1-PFGE、Southern杂交及长片段PCR等一系列试验研究3株IMP阳性阴沟肠杆菌的分子特征、blaIMP位置及周围环境序列。MLST分型显示3株菌分别为ST191(bla IMP-26)、ST528(blaIMP-26)和ST513(blaIMP-4)。3株菌的质粒接合转移均成功。blaIMP-4由一个约45 kb的IncL/M型质粒携带,基因环境为IS26-Intl1-bla IMP-4-orf I-mobC;另两株菌所携带的blaIMP-26均由一个约300 kb的IncHI2型质粒携带,基因环境相同:Intl1-bla IMP-26-orfII-orf III-qacEΔ1-sul1。综上,上海地区BSIs大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌的耐药率较高,阴沟肠杆菌的耐药率较低;产CTX-M大肠埃希菌ST131型和产KPC肺炎克雷伯菌ST11型是主要流行的耐药株,且产KPC-2菌株有明显克隆传播倾向;本研究首次在上海地区肺炎克雷伯菌中检出blaNDM-5,以及阴沟肠杆菌中检出blaIMP-26;故持续监测病原菌分布、耐药性变迁以及耐药基因分子特征仍是医院感染控制和临床治疗预防最有力的理论依据。另外,blaIMP是阴沟肠杆菌中主要流行的碳青霉烯酶基因,更多是靠质粒、整合子等多种方式水平传播耐药性;IncHI2型广宿主质粒可能在bla IMP-26的传播过程中扮演了重要角色。
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