近年来,由于高校内部控制制度不完善引起的高校经济犯罪案件频频发生,不仅给国家带来了重大的经济损失,在社会上也造成了恶劣的影响,严重损害了高校的声誉。因此,本文把我国高校的内部控制作为研究对象,采用规范研究和案例分析相结合的方法,从理论和实践等方面进行了详细论述,以实现建立和健全我国高校内部控制、保护高校资产安全完整、提高高校教学科研和管理等方面综合竞争力的目的。本文首先从介绍内部控制基本理论入手,结合高校内部控制的特点,分析了我国高校内部控制目前存在的问题,指出我国高校目前内部控制失控的深层原因是高校领导层的权力缺乏监督约束和高校的重大利益相关者在高校权力结构中被边缘化。为了解决高校内部控制面临的这些问题,本文对高校内部控制的几项主要内容如货币资金控制、实物资产控制、筹资与投资控制和工程项目控制进行了实务设计,包含设计目标、设计原则、设计的基础工作和主要内容的控制目标、控制要点、主要控制流程等方面,并采用了图示法对有关控制流程做了举例说明。其中,基于COSO报告内部控制的五个要素,指出了进行实务设计应做的基础工作,并特别强调了要强化对我国高校内部控制的外部审计监督机制,充分发挥国家审计机关和社会审计机构的权威性和监督作用,加大审计监督力度,建立内部控制、政府监督和社会审计监督组成的“三位一体”的监督体系。最后,本文采用案例分析的方法,理论联系实际,选取一所国有普通高等学校作为调研对象来探讨高校的内部控制问题,提出了改进对策和建议。