自十九世纪初基督教传入中国以来，由于文化冲突、民族矛盾等种种复杂的原因导致中国士绅及民众的反教。教会由于拥有传教条约的特权，政府处理教案时不得不偏向教会一方，这不仅引起了更多的教案，也使基督教成为凌驾于政府之上的宗教。基督教也被视为西方对中国侵略的一部分。国民革命是以对外打倒帝国主义，对内打倒北洋军阀为目标的民族主义运动。基督教被视为帝国主义文化侵略的工具而成为革命打击的对象，在革命军和群众运动的冲击下教会遭到严峻的挑战。与西教士对革命的恐惧、疑虑、消极的态度相比，中国信徒更多的是赞成革命。他们借革命时期传教士的离开或转交权力的机会加快了中国教会本色化的进程。而国民党的领袖、军人、学生和工农群众参与反教运动，表明基督教享受特权的条约体制受到空前的挑战。然而，作为革命领导者的国民党内部对基督教的态度有很大的分歧。反教者认为基督教是帝国主义文化侵略的工具，无论其教义还是组织都应被打倒；护教者则强调宗教自由的原则，虽然也承认基督教与帝国主义的联系，但认为其教义与革命并不违背。双方共同点在于基督教不能超越于政府之外，应服从中国的国家利益。南京国民政府通过谈判，改订新约，收回部分主权。同时，国民政府制定法律法规，不断强化对教会团体的管理和约束，国民党也极力用三民主义排挤宗教的影响力，力图使教会的教育、医疗等事业摆脱宗教色彩，对其采取限制和利用的政策。传教士对于政府的强力介入感到宗教自由受到侵犯，但主张本色化教会的中国信徒接受法律法规范围之内的宗教自由。教会对政府的管理逐渐由抵制到勉强接受，二十世纪三十年代后，教会参与到政府的各种社会运动中来了。总之，从国民革命到南京国民政府的初期，由于时势变化，基督教与政府形成了新的和谐共处的关系。