自最高人民法院首例债务不存在的消极确认之诉判决生效以来，在此类诉讼中，由原告承担证明责任已然成为司法实务中一贯的处理方法。然而域外立法及理论学说认为在此类诉讼中应由被告承担证明责任，中国现行法律对此并无规定，但通说观点也认为应由被告承担证明责任。实证分析的成果显示，当前中国司法实务在处理此类诉讼时存在如下问题，首先，确认利益的审核程度不高;其次，证明责任的分配存在自由裁量的倾向;第三，裁判文书的说理不足、逻辑不清。从中国现行立法来看，在此类诉讼中，证明责任的分配标准具有顺序性。对于实体法和程序法中涉及具体事项的证明责任分配有明确规定的，从其规定;在现行法律对此没有明确规定时，人民法院可以根据《民事证据规定》第七条规定中涉及的多种因素综合确定证明责任的具体分配。同时，在进入诉讼系属之前要严格审查此类诉讼的确认利益，避免当事人滥用诉权。人民法院在审理过程中要注重对现行法律的解释，加强裁判文书的说理程度，使法律规范、案件事实、理论学说相互印证。