自从“审计风暴”以来，政府审计结果就一直成为社会公众所关注的焦点。政府审计效果研究对于进一步提高我国政府审计工作水平、降低组织的代理成本具有重要的意义。从本质上来看，政府审计具有“免疫系统”的内涵，对于违法违规行为具有“抵御”与“预防”的作用。政府审计是否发挥“免疫系统”应有的功效，依赖于其审计效果的好坏，对政府审计效果的研究，应该在确定影响审计效果的内在因素基础之上来判断。政府审计的免疫系统从作用方面可以分为抵御功效、预防功效，在确定这两种作用的基础之上，同时还应该考虑到力度与效果交叉作用机制。本文从“免疫系统”理论角度分析了政府审计的内涵，同时，基于信号传递理论分析“免疫功效”发挥作用的机制。选取了2003——2009年各地省级审计机关审计结果为数据样本，采用描述性统计与多元线性回归的实证分析手段，考察政府审计“免疫系统”是否发挥了应有的功效，利用pearson相关性分析了作为“抗体细胞”的——政府审计力度是否具有“记忆性的特性”。结果表明：我国的政府审计发挥了“免疫系统”中的“抵御”功效的一些方面，但是“免疫系统”的功效发挥的非常的不全面，政府审计在保证财政资金的合理使用、对相关责任人员的追究上起到了不可替代的作用，但是“免疫功效”本身同样存在着重视抵御、轻视预防的问题。针对“免疫系统”存在的问题，结合实证分析，本文最后提出了提高政府审计效果的建议。