公司章程与股东协议的冲突问题由来已久,尤其是在有限责任公司中,公司控制权与经营权重合,股东出任公司管理层,时常以股东协议替代公司章程实现公司治理。另一方面,在公司章程的发展中,备受诟病的“格式章程”现象使得公司法赋予企业的自治权限旁落,股东就公司的特殊约定只能通过股东协议达成,这样造成实践中大量股东协议替代公司章程的案例出现。由是在纠纷诉诸司法时,面对二者的冲突应当以何者为裁判依据时常成为困扰法官的棘手问题。司法实践中的案例显示公司章程与股东协议的冲突大多集中在股权纠纷、股东资格纠纷以及公司治理等领域,法院面对该冲突问题的判决也是莫衷一是。大体呈现出以公司章程为裁判依据、以股东协议为裁判依据、遵循“内外有别”的逻辑思路以及回避裁判四种情形。不同的裁判思路遵循不同的逻辑,整体上表现出或以公司章程的公示效力和“公司宪章”地位认定其具有排除股东协议的效力;或以股东协议反映股东真实意思表示,而公司章程则是“照章填空”的产物,因而应当以股东协议为准;或认为针对股东内部应当以股东协议为准,而涉及外部债权人时,应当以公司章程为准。上述裁判思路都不乏逻辑上的漏洞或理论上的困境。主张公司章程的公示效力并未注意公司章程在登记与备案上的不同效力,由是不加区分地认定其对内对外均有绝对的排除效力不具有理论和实践上的可行性;主张股东协议的真实意思表示也忽略了大量重视公司章程修改的情形;而“内外有别”的裁判思路则仅仅是借鉴上述两者之间的观点作变通解释,实际并未解决冲突问题的本质。这种或左或右,抑或兼而有之的裁判思路在面对冲突问题时仍显僵硬,并不能完全回应冲突问题。分析冲突问题与裁判争议,需要首先从理论上厘定二者的关联。公司章程与股东协议分属公司自治与股东自治的范畴,二者在形成规则上存在差异,并不能直接用股东自治替代公司自治。公司章程的形成过程决定其具有的决议属性,遵循多数决的冲突规则,与协议的合同属性存在本质差异,应当明确二者在属性上的根本不同。由是,二者在适用范围上存在着天然的区分,公司章程即便仅集合了部份股东合意,但其遵循完整的程序正义,仍应当体现为公司的意志,不能与协议的合同属性相提并论。因此,在明确了公司章程与股东协议的上述理论问题后,抑制二者的冲突,应当以《公司法》和《合同法》的适用范围分析为起点,立足我国公司及公司法实践,探讨问题的本质。公司章程与股东协议的冲突问题在本质上是公司法问题,应当以商法的效率原则和经济法的实质正义理念对冲突问题的裁判逻辑作理论导正,在借鉴域外股东协议制度设计的基础上,完善我国股东协议制度的立法,以此实现从立法到司法实践对冲突问题的抑制与解决。