20世纪80年代以来,国际物流业务发展迅速。在国际经济全球化步伐不断加快和我国大力发展外向型经济的战略背景下,各种形态的保税港区开始在中国大地出现并迅速发展。保税港区政策作为一项特别的政策,涉及到中央和地方的多个部门。在中央与地方政府共同参与保税港区行政管理的情况下,建立一套完善的行政管理体制,保证中央和地方政府协调和共管的有效性,对于推动保税港区的发展具有重大的意义。目前我国保税港区的建设和营运在管理体制上存在着:政府需求与市场需求不一致;中央和地方两级地方政府的工作目标是建设而非运营;地方政府实际上无法协调中央直属管理部门;保税港区的立法工作滞后;管委会的权威性不够;政府部门职能转变不彻底,政事、政企没有完全分开等等诸多方面的问题。解决这些问题需要在总结我国各地保税港区建设和营运经验的基础上,借鉴国际上的通行做法,处理好保税港区国家政策的统一性与地方政策特殊性的关系,保税港区政策实施过程中的“自上而下”与“自下而上”的关系;要科学做好保税港区政策的评估与修正;要从根本上推动保税港区政策实施过程中自由裁量权的制度化、规范化的建设;要完善保税港区的立法,推进特殊监管区域的整合;要充分赋予保税港区制度创新的权力,形成高效的地方保税港区管理体制;要确定中央一级的管理机构,健全评估体系,完善政策研究;要厘清保税港区的公共管理、公共服务、监督管理与增值服务之间的界限;要全面推进保税港区的信息化系统建设,解决部门之间、条块之间的管理信息分割问题;要加强保税港区的产业规划与产业组织。