单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)是基因组多态性的主要形式，SNP计划是人类基因组计划的重要组成部分，对复杂疾病基因组学和药物基因组学有重要应用价值。外源化合物反应系统介导了药物毒物等的代谢、处置和效应，对这些基因群SNP的发掘和关联或相关性研究，是着眼于个体化治疗的遗传药理学和着眼于人群预防的肿瘤遗传流行病学的重要内容。 本研究是中国人SNP计划的遗传药理学子项目，包括三个层次的研究内容：基于中国人群参考样本和PCR-Resequencing的SNP发掘技术平台，建立候选基因SNP系统目录，同时，着眼于连锁不平衡(Linkage Disequilibrium，LD)模式和单倍型结构，建立基于SNP数据的遗传分析方法；通过基因型与药动学表型的相关性分析，研究重要药物反应相关基因的遗传药理学；通过基于医院的病例对照研究，分析外源化合物处置相关基因SNP与我国常见肿瘤的易感性的关联。 在本研究论文中，我们首先建立了中国人20个重要外源化合物反应相关基因的SNP系统目录，共发掘了271个SNP，并对候选基因的SNP分布、核苷酸与单倍型多态性，以及LD模式进行了初步描述；其中，我们解析了两个ABC转运体基因的LD模式和单倍型结构，发现尽管基因内重组等使LD模式很不规则，但均可解析出单倍型多态性较低的少数LD模块，说明LD和单倍型分析可为遗传关联研究的标记选择和实验设计提供重要信息。这样，通过SNP发现和多态性数据遗传分析的平台，为整个项目奠定了研究材料和方法的基础。在遗传药理学方面，通过对组胺甲基转移酶基因HNMT表型已知人群的SNP筛查和基因型与表型的相关性分析，发现调控区的几个常见SNP与酶活表型在女性中有相关性，提示HNMT可能受雌激素等调控，从而深入了对HNMT的遗传药理学和表达调控的认识；在肿瘤易感性方面，通过大规模的病例对照研究，发现烟气主要致癌物NNK的代谢酶基因CYP2A13的一个功能SNP与肺癌尤其是其中的腺癌风险降低显著关联，首次在群体水平证实了该基因在肺癌病因学中的作用。