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中医药是我国传统医学的瑰宝。色谱指纹谱质量控制是近来中药质量控制领域内的热点和趋势。本论文即对此课题的几个基础问题进行了系统的研究。 样品中各组分保留参数的获得是优化色谱指纹的前提。本论文建立了一套国际领先的新算法，解决了根据多个任意梯度下的保留时间精确计算保留参数的难题。在这套算法的基础上，本文对一个实际中药样品的液相指纹谱进行了优化获得了良好的效果。本文还将这套优化方法推广到线性放大模式下制备HPLC的条件的优化，用于藏茵陈提取物中的两个未知成分的制备分离，同样取得了较好的效果。 论文还讨论了保留参数辅助分类的可能性与方法。传统根据a，c值间线性关系进行分类是一种有效的方法。但这种线性关系是近似的，无法定量计算分类结果的可靠性。本文将多组判别分析方法引入了保留参数分类这个领域，并用它来计算分类情况，给出分类的可靠性(后验概率)，从实验及计算结果看这个方法取得了良好的效果。 本文提出按照向量夹角公式定量计算两指纹谱的相似度；同时本文还在三个合理规则的基础上实现了指纹谱的自动峰匹配。在这个基础上，本文设计并建立了指纹谱相似度计算软件。 本文第五章主要讨论如何建立一个全息中药指纹谱数据库，给众多的指纹谱工作者提供参考和帮助。本文对这个数据库进行了总体设计，并使用VB6.0编程建立了“中药材全息指纹谱图数据库”。该软件具有良好的通用性及易用性；并具有”活谱图”功能。