二十世纪末期特别是进入二十一世纪以来,我国高等教育体制改革全面推进,大众化教育进程不断加快,为了适应社会的发展,在国家的统一部署下,高校的管理重心不断下移,二级学院的自主权不断提升。二级学院可以依据自己实际情况,统筹人力、财力、物力,优化教育资源配置,促进学院内部及各学院之间交流,充分调动教职员的主观能动性和工作积极性。优化二级学院治理结构,是我国民主政治的突出表现,是完善现代教育制度的有效手段。本文在大量阅读国内外相关文献的基础上,以利益相关者理论、委托代理理论、法人治理理论为理论依据,综合运用文献研究法、比较研究法、历史研究法,对我国二级学院治理结构中的权力构成及运行机制进行定位分析。以此为基础对我国二级学院治理结构的历史脉络进行梳理、总结,并找出当今二级学院治理结构中存在的现实问题,这些问题包括校院权责配置的失衡、制度建设跟不上时代的发展、监督权力的缺失和学术权力的弱势。之后对美国、英国、德国三国的学院制管理历史进程及现状进行梳理,探寻美、英、德三国先进的学院治理经验,包括章程建设、学院自治、学术自治、共同治理的成功经验。最后,结合上述的结论,在我国的特色社会主义制度的基础上,提出了三个方面的优化建议:第一,科学搭建协同参与、共同治理的治理结构,即四个核心权力的地位坚持;第二,建立健全共同治理的有效机制,包括决策机制、执行机制与监督机制;第三,合理健全二级学院保障体系,包括章程与管理办法的修订和制衡体系的建设。