南京是六朝古都,是明太祖朱元璋定鼎之地。明成祖迁都北京后,南京成为留都。明成祖在南京保留了很多机构,其建制同北京的中央机构相同。在南京诸司中以南京六部为主要职能部门,而六部之中又以南京兵部最为重要。第一章,概述了明代南京兵部机构沿革、官吏设置与长官选任。具体来说,就是介绍明初迁都北京及南京兵部建立之过程；明代南京兵部建立之后的官吏裁革与机构建设；明代南京兵部官吏职位设置情况；同时,根据南京兵部尚书表和侍郎表的相关信息,探究南京兵部尚书、侍郎的选任情况,包括从籍贯、任前官职、任后去向三个方面进行分析。第二章,分析了明代南京兵部之职权。总的来说,南京兵部的职权可归为军事、行政、后勤保障职权三大类。军事职权,包括处理南京重大机务,负责南京地区的禁卫与军队的操练,负责南京地区军事装备与设施的维护,以及向中央提供军事建设的建议等。行政职权,包括负责南京军政官考核、任用、差拨与裁革,负责南京京卫武学和武举,编制、存留、查照文册,纠察官员违例之举等。后勤保障职权,包括管理南京官兵优养、袭替、诰命,抚恤南京百姓、赈济灾民,管理官船、官马、官地,提督驿传,征收、支用各项银两等。第三章,首先对明代南京兵部的事务做一个总体的评价。南京兵部虽然不是实权机构,但也并非闲置部门,南京兵部事务并不清闲,相反还有些繁琐,虽屡被裁革,但最后还是重新设立。同时,探究明代南京兵部在不同时期职权侧重点的变化。明仁宗到明孝宗时代,主要是留守南畿一隅；明武宗至明神宗前期,则不仅要留守南畿,还得参与稳定东南局势；明神宗中期至明思宗末,不仅要负责稳定东南,还要支援京师；到南明弘光时期,则要支撑亡明势力。第四章,分析了明代南京兵部与皇帝及其他政府机构之相互关系。本章研究机构关系,除了南京兵部与皇帝关系之外,本文只是选取几个关系紧密的部门,这样更能体现南京兵部在整个国家机构中的地位。首先,是南京兵部与皇帝、兵部之关系；其次,是南京兵部与部分南京机构之关系,这包括南京兵部与南京内外守备大臣的关系,南京兵部与南京工、户部的关系,南京兵部与南京操江御史、南京周边地区御史的关系。这些部门在不同的层面上相互配合,同时又相互牵制,使得中央朝廷能够较好地掌控南京地区。