在物理学上，人们把物质分为三态，即固态、液态和气态。液晶是介于液态和固态之间的一种独立的物质形态，它既具有液体的流动性，又具有晶体的各向异性。液晶分子的取向是液晶显示的关键技术之一,对于液晶显示器件，液晶分子取向质量直接影响液晶器件的均一性、色差、对比度、阈值电压、响应时间、视角等特性。取向层表面分子链取向理论认为摩擦取向层表面将会导致取向层中分子链的定向排列。当液晶分子与已取向的分子链接触时,液晶分子以一种类似晶体外延的方式从取向层表面外延出去,从而对液晶分子取向。沟槽理论认为，由于液晶显示器使用的液晶分子呈长棒形,它只有沿着沟槽排列时体系的能量才最低,即：取向层处的液晶分子将沿着沟槽方向排列。本文用分子动力学模拟软件Gromacs，在有沟槽存在的情况下，对5CB液晶分子进行模拟，并对表层处的液晶分子取向行为进行研究分析。我们构建了一个表面有沟槽的模型，上半部分的尺寸为：9.069nm×5.005nm×3.17nm，下部分沟槽的体积为：4.107nm×5.005nm×3.13nm，体系中放有506个5cb分子，并把它放在一个尺寸为9.191nm×5.076nm×12.00nm的周期性盒子里进行动力学模拟。我们对数据的分析主要有三个方面：（1）5cb中氮原子的均方根偏差（RMSD）分析。（2）方位角分布分析。（3）预倾角分布分析。通过分子动力学模拟我们发现，表层液晶分子的取向行为不仅受到沟槽的几何约束影响，而且由于液晶分子与基板表面的分子间相互作用，表层液晶分子的取向还受到基板的影响，表层液晶分子的取向行为是这两种作用相互竞争的结果。这项研究的结果对定量分析表层液晶分子的取向行为很有帮助。