本文通过选取我国31个省、自治区、直辖市2009年至2012年来在高等学校方面的相关投入及产出指标,采用DEAP.2.1软件及EMS软件,通过构建C2R模型及超效率模型,比较两种模型下各地区财务绩效效率值的不同,并评价分析结果,结果显示我国高校财务绩效方面存在学校占地面积过大、固定资产投入过多、专利技术转化率低、东中西部间差距较大,得出造成这种现象的原因有高校盲目扩建、缺乏正确的固定资产管理理念及监督机制、缺乏专利、东中西部地区之间在经济及地理条件方面存在差异,针对上述问题提出如下建议:在高校扩建方面,多方应协同合作,合理安排教学规模;针对固定资产投入过多问题,国家应加快固定资产财务制度的建设,高校应转变思想,正视对固定资产的管理,完善监管机制及奖惩机制;要解决专利成果转化率低的问题,国家要发挥引导作用,鼓励相关中介机构的建立,完善课题及项目成果的验收机制,高校应坚持科学立项,重视项目理论性与实用性的结合,提高科研人员的专利保护意识,完善相关奖励机制;在处理东中西部差异问题上,国家应加强对中西部地区的经费投入,平衡优质高校资源,当地政府抓好西部大开发战略及丝绸之路经济带建设的契机,结合当地自身优势资源,发展当地经济。