目的:RC(renal cancer,肾癌)的全球发病率每年都在增加,占所有成人恶性肿瘤的约3%,其中ccRCC(renal cell clear cell carcinoma,肾透明细胞癌)是肾癌中发病率最高的一种亚型,占所有肾癌的75%,随着ceRNA(competing endogenousRNA,内源竞争性RNA)假说的提出,mRNA-miRNA-lncRNA调控网络在癌症基因表达中的作用目前正被广泛认可,这种内源性调控网络在肿瘤的筛查、预防及治疗中有着重要的意义,本研究旨在通过生物信息学技术整合GEO数据库中的三个数据集,找到肾透明细胞癌中的mRNA-miRNA-lncRNA调控网络,为从基因学领域研究肾透明细胞癌的筛查、预防、治疗提供更多新的且有价值的靶点。方法:通过R语言筛选肾透明细胞癌和正常肾组织在三个GEO数据集(GSE781GSE6433 GSE11151)中分别表现为上调和下调的DEGs(differentially expressed genes,差异性表达基因)。利用FUNRICH软件及KOBAS网站对筛选出DEGs进行GO、KEGG以及PANTEHER通路分析,找到这些DEGs主要的富集通路。应用STRING数据库构建这些DEGs对应的功能性蛋白关联网络,并通过cytoscape软件中cytohubba插件计算出中枢差异性表达基因,从而进一步探寻我们需要的关键基因。同时应用miRTarbase、m RWALK、starbase等数据库预测已经筛选出来的关键DEGs上游的关键miRNA和关键lncRNA并通过oncolnc及GEPIA网站进行生存分析,以证实同时也筛选出我们最终想要的所有有意义的RNA,最终按照ceRNA假说理论,根据这三种不同类型RNA的内源性竞争关系组建完整的mRNA-miRNA-lncRNA调控轴。结果:我们初步筛选出显著上调的DEGs 204个;显著下调的DEGs 84个。通过富集分析发现,其中表现为上调的DEGs主要富集于:HIF-1-α转录因子网络(HIF-1-alpha transcription factor network)、细胞粘附分子(CAM)、抗原呈递(antigen processing-cross presentation)、先天免疫系统(innate immune system)、免疫系统中的细胞因子信号(Cytokine signaling in immune system)、T细胞激活(T cell activation)、B细胞激活(B cell activation)等通路;表现为下调DEGs主要富集于酪氨酸代谢(Tyrosine metabolism)、MAPK信号通路(MAPK signaling pathway)、代谢途径(Metabolic pathway)、血管生成(angiogenesis)、EGFR的信号传导(signaling by EGFR)等通路。从蛋白质-蛋白质互相作用网络中按照DEGREE算法筛选出前30个上调mRNA及30个下调mRNA,通过表达及预后分析得的3个有意义的上调mRNA(C3、IRFT、T1MP1)及11个有意义的下调mRNA(ATP1A1、FABP1、FGF1、GSTMS、PLG、SLC12A1、SLC22A7、SLC22A8、SLC34A1、SLC12A3、UMOD)。在这些mRNA中的ATP1A1,FABP1,FGF1,SLC12A1和UMOD已经被证实与肾癌的发生发展有着密不可分的关系。进一步根据miRNA的表达及预后分析得到有意义的8个影响ccRCC生存曲线的miRNA(miR-30c-1-3p、miR-30c-2-3p、miR-445-3P、miR-18a-5p、miR-92b-3p、miR-130b-5p、miR-153-5p、miR-193b-3p)。然后进一步通过差异表达及生存分析筛选出四个与miRNA对应的lncRNA:PVTC1、CASO2、PWAR5、DANCR。最终我们得到了4个mRNA-miRNA-lncRNA调控轴:C3-has-miR-455-3p-PVT1、GSTM3-has-miR-92b-3p-PWAR5、ATP1A1-has-miR-193b-3p-DANCR、ATP1A1-has-miR-18a-5p-CASC2。结论:本项研究通过生物信息分析,最终得到与肾透明细胞癌相关的4个mRNA-miRNA-lncRNA调控轴,在这些调控轴上的其中每的一个RNA均可作为ccRCC的基因靶点来供各位学者研究,这将为进一步开展关于ccRCC的科研实验提供新的研究方向。