红树林区不仅能为许多海生和陆生生物提供栖息地和食物，还是许多鱼类的育幼场和产卵场，因此红树林区生物多样性成为当今生态学研究热点之一。过去对红树林区鱼类群落的研究多采用传统生物多样性指数，然而传统生物多样性指数在实际运用过程具有过多注重物种丰富度、未考虑物种在分类学上的差异等缺陷。分类多样性指数既考虑了群落中物种数量和均匀程度，也考虑了物种分类地位和生态学上的差异，更全面更有说服力。　　为全面了解中国红树林区鱼类物种多样性分布格局，本研究选取福建漳江口、广西茅尾海、广西山口、海南东寨港四个典型的红树林区，根据这四个红树林区鱼类调查的文献资料系统整理了各自鱼类总名录，并应用分类多样性指数、分类阶元包含指数、相似性系数和相对丰富度研究了四个红树林区鱼类分类多样性分布格局。并以漳江口红树林区和东山湾为例，分析比较了红树林区与其临近海湾鱼类群落分类多样性，初步探讨了红树林区鱼类对临近海湾渔业资源的补充作用。主要结论如下:　　(1)漳江口红树林区共记录鱼类88种，茅尾海红树林区75种，山口红树林区103种，海南东寨港红树林区121种。各红树林区鱼类均以鲈形目和鰕虎鱼科鱼类占绝对优势。各红树林区大致呈现随着纬度的降低鱼类种类数升高的趋势，符合物种数目从热带到两极逐渐减少的规律。　　(2)根据各红树林区鱼类总名录计算了平均分类差异指数△+和分类差异变异指数∧+，结果显示，漳江口红树林区△+和∧+分别为52.93、265.1;茅尾海红树林区△+和∧+分别为54.48、247.8;山口红树林区△+和∧+分别为56.6、218.7;东寨港红树林区△+和∧+分别为57.42、232.14，各红树林区鱼类△+的值呈现随着纬度的升高逐渐减少的趋势。本研究认为分类多样性呈现以上格局的根本原因在于红树林区环境因子和红树林自身的生境异质性的不同。　　(3)不同红树林区的鱼类组成相似性与空间地理位置有关，即空间地理位置越接近，鱼类组成的相似性水平越高。温度等环境因子因素是影响鱼类分布的重要因素，地理位置越接近的生境其自然环境条件也越为相似。对比不同海域之间的鱼类组成相似性，本研究发现生境类型相同的两个海域之间鱼类组成的相似性高于两个生境类型差异较大海域之间鱼类组成的相似性。原因在于生境相同的区域物种间的基因交流往往多于生境差异较大区域物种间的基因交流。　　(4)通过对比漳江口红树林区和东山湾鱼类总名录，本研究认为红树林区鱼类对其临近湾海域渔业资源的重要贡献体现在以下三个方面:①红树林区部分鱼类通过生境迁移直接补充到临近海湾渔业资源中;②红树林区部分鱼类通过捕食和被捕食等生物行为参与到临近海湾鱼类食物网中;③为其他不以红树林区为育幼场和摄食场的鱼类的生存和发展提供了更多的资源和空间。　　(5)不同生境类型鱼类群落的平均分类差异指数△+呈现河口＞陆架区＞海湾＞珊瑚礁＞红树林区，表明不同生境类型中鱼类之间的亲缘关系由远到近为河口＞陆架区＞海湾＞珊瑚礁＞红树林区。将不同类型生态系统鱼类群落的分类多样性指数进行对比，本研究发现红树林生态系统的物种多样性水平高而分类多样性水平较低。表明红树林生态系统较易受到自然或人为扰动的影响，生态系统自身的适应性和修复能力并不突出。基于生态系统和适应性的管理方法，红树林区生物多样性保护的基本单位不是物种本身而应是物种的栖息环境。