草食性的草鱼拥有着强大的分解水草的能力，同时，有研究报道在草鱼肠道中检测到纤维素酶活性或者产纤维素酶细菌。目前，对于草鱼肠道内的产纤维素酶细菌有哪些，这些细菌是固有共生细菌还是因为摄食等其它原因产生的等问题，并不是很清楚。甄别宿主体内细菌是固有细菌还是外来细菌，是了解细菌和宿主之间相互关系的前提。 通过对16srDNA文库的随机序列测序，本研究调查了空腹草鱼肠道以及其他有着连接的组织（胆囊和肝胰脏）中的细菌多样性和菌群丰度。结果表明，（1）草鱼肠道组织的细菌群落组成以气单胞菌（Aeromonas）为主，其次依次为摩根菌（Morganella）、假单胞菌（Pseudomonas）和耶尔伸菌（Yersina），普罗威登斯菌（Providencia）、弧菌（Vibrio）和不动杆菌数量（Acinetobacter）相对较少；草鱼胆囊以气单胞菌（Aeromonas）为主，肝胰脏以气单胞菌（Aeromonas）和假单胞菌（Pseudomonas）为主。（2）鉴定出肠道中细菌28株、胆囊中10株和肝胰脏中19株，以上菌株均归属于变形杆菌的gamma亚群，分属于不同的8个细菌属。（3）在胆囊、肝脏和肠道均有分布的相同菌株，共有3株，其中2株隶属于气单胞菌和1株隶属于假单胞菌。除此之外，胆囊和肝脏中相同菌株还有1株变形杆菌、2株气单胞菌和1株假单胞菌；胆囊和肠道中相同菌株还有2株气单胞菌、1株假单胞菌和1株摩根菌；肝脏和肠道中相同菌株还有1株气单胞菌、1株假单胞菌和1株摩根菌；（4）这些共同拥有的细菌我们称之为共生细菌，在研究中一共找到了10种共生细菌，占了55.33％。这10种共生细菌在肠道中都能检测到，在胆囊中有7种，肝胰脏中有6种。（5）这10种共生细菌都隶属于三种细菌基因：气单胞菌，假单胞菌和摩根菌。其中气单胞菌数量最多，占28.38％，其次为摩根菌占20.78％，假单胞菌占6.17％。在这些细菌中，Morganellasp，JB-T11，Aeromonasveronii，和Aeromonassobria这三种细菌数量最多，分别占了17.08％，12.35％和8.64％。 另外采用PCR-DGGE分子生物学策略以分析16SrDNA特征序列对细菌类群进行分析，共鉴定出草鱼肠道中的13种细菌。草鱼肠道组织中的细菌都隶属于以下这五种细菌基因：气单胞菌（Aeromonas），假单胞菌（Pseudomonas），耶尔森菌（Yersina），希瓦菌（Shewanella），沙门菌（Salminella）。其中，气单胞菌为占优势的细菌，占了46.13％，其次为假单胞菌，占了30.77％。耶尔森菌，希瓦菌，沙门菌各占7.69％。 运用改良过的刚果红培养基筛选草鱼肠道中的产纤维素酶细菌，得到产纤维素酶细菌的单克隆66个。其中透明水解圈D（mm）/菌落直径d（mm）大于等于5的产纤维素酶细菌有19个。运用16SrDNA分子技术分析这19个细菌，得到3个不同序列和16个重复序列。其中两个序列经过比对鉴定为Aeromonasveronii，另一个序列经过比对鉴定为Aeromonashydrophila，这2种细菌均隶属于气单胞菌（Aeromonas）。这两种细菌在草鱼肠道和胆囊中都有被检测到，说明这2种产纤维素酶细菌是草鱼肠道中的共生细菌。Aeromonasveronii在草鱼肠道中占了12.35％的相对丰度，Aeromonashydrophila在草鱼肠道中占了1.23％的相对丰度。 本研究利用不依赖于细菌分离培养的分子鉴定技术，通过比较肠道以及与其相连接器官组织的细菌组成，确定了肠道共生细菌类群并得出了相对的种群优势，在此基础上，结合产纤维素酶细菌的分离和鉴定，确定了一种产纤维素酶细菌-Aeromonasveronii是草鱼肠道共生菌群中的优势种群，表明草鱼消化水草纤维素的能力与其肠道拥有优势共生的产纤维素细菌种群密切相关。