我国人多地少,农地地形不一、地块零散是我国的基本国情。土地整治通过对田、林、水、路、村采用生物、工程的措施,进行综合的整治,恢复破坏、废弃的土地的耕地能力、肥力,在可持续发展的前提下对未开发的土地进行开发。土地整治增加了耕地面积、提高了耕地质量,并改善农村的生态环境。土地整治盘活了农村存量土地后,对数量可观、规模集中的农村土地的进行规模化土地流转,可以提高土地产量,提高土地经济利益,增加农民土地收入。这种农地土地整治和土地流转相结合的创新方式,被称为农村经济增长方式的“大破大立”,农村的土地整治,对被整治土地进行“打破”：打破农地的地块界线、打破原有的沟渠、道路界线,将被整治土地中的界线全部打破。再将整合的土地“统一”：统一再分配给农户进行确权、统一修建水力、沟渠、道路、统一规划完成生态建设、统一流转土地经营权。但是这种新型农村经济增长模式却经常出现农民权益受到损害的情况,本文旨在对安徽省土地整治为重心的实证研究的背景下,对土地承包经营权流转中农民权益保护问题提出建议。本文共分为以下几个部分：第一个部分,本文对土地承包经营权流转的制度沿革进行介绍,可以看出,我国的政策、法律对于土地承包经营权流转从禁止到开放的过程。第二个部分,本文介绍了安徽省农村土地整治实践中土地承包经营权流转的现状,从安徽省土地流转分析可以得出结论,农民群体在土地整治背景下的土地流转中,与具有专业素质的土地流转受让方相比,处于弱势地位,需要特殊保护。第三个部分,本文对土地承包经营权流转中农民权益受损进行了实证分析,从农民权益受损的角度,总结了农民权益的受损类型：农民自主权益受损、土地流转收益权受损、原有的土地保障权益受损、土地流转救济权益受损。第四个部分,本文分析了土地流转中农民权益受损的原因。把农民权益的受损情况上升为理性原因,从制度层面、政府层面、村集体层面、农民自身层面四个角度进行了分析。第五个部分,本文针对农民权益受损的原因,相应从制度设计、土地流转前提设置、土地流转配套制度等角度提出了建议。