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核桃(Juglans regia L.)是一种重要的经济、生态林木树种。本研究利用核桃转录组数据进行EST-SSR标记的开发，以7个核桃栽培品种和‘青林’与‘元林’杂交的F1代群体，分别对构建核桃指纹图谱和抗核桃炭疽病基因的SSR标记进行了研究。研究成果如下:1，从核桃转录组数据库中随机抽取9613条Unigene序列，共16.96Mb。利用SSRHunter软件搜索其中的EST-SSR位点，共得到含有EST-SSR位点的Unigene序列1641条，EST-SSR位点1829个，每9.27kb就出现一个EST-SSR位点。其中二核苷酸重复单元占总SSR的83.67％，其次是三核苷酸重复，占11.15％，六核苷酸重复最少，占0.30％。在所有重复类型中，AG/CT是优势重复类型，占总重复类型的62.32％，其次是AT/AT。随机选择各种不同重复类型共101对EST-SSR引物进行合成，筛选获得多态性较高的SSR引物7对。 2，采用SSR标记构建出了7个核桃品种特有的指纹图谱，为建立核桃指纹鉴定数据库提供科学依据。从10对引物中筛选出WGR69，WGR281，WGR367，3对核心引物，即通过这3对引物即可区分出7个核桃品种，其中用2对引物就可区分出6个核桃品种。 3，采用10对不同来源的SSR标记分析7个核桃品种的遗传多样性。聚类分析把7个核桃品种分为3个类群。‘瑞嘉’和‘瑞秀’聚为一个类群，‘辽核1号’、‘元丰’和‘元林’3个品种聚为一个类群，‘香玲’和‘青林’聚为一个类群，与另外两个类群亲缘关系较远。 4，以‘青林’、‘元林’以及‘青林’ב元林’F1代为试材，使用SSR标记，通过BSA法检测核桃抗炭疽病抗性基因位点。研究使用了194对核桃SSR引物，对87份试材进行检验，其中在双亲中有差异条带的引物有58对，在抗、感池中有差异的引物有2对，最终筛出一对引物与炭疽病抗性基因相关联。将SSR标记转化为更稳定无非特异性扩增的SCAR标记。