当今世界,高校作为培养高科技人才的摇篮和科技创新领域的主要力量,为我国科学事业的进步与发展奠定了坚实的基础;随着国家科教兴国战略和创新驱动发展战略的提出并大力实施,我国对科研工作和高等教育事业的重视程度日益加强,对高校科研经费的拨款力度也逐年呈上升趋势,但由于科研政策或经费管理制度不完善而出现的问题也随之暴露。鉴于此,目前对高校科研经费的利用效率问题进行研究、分析显得十分必要,以期有效提高高校科研经费的利用效率,使科研经费得到科学合理的配置。本文从投入-产出的角度,运用DEA方法构建模型,以2009-2016年间教育部直属高校科技数据为样本,对其中的57所高校的科研经费利用效率进行静态及动态变化趋势研究,得出结论如下:(1)我国在2009-2016年间高校整体的科研经费利用效率是呈下降趋势的;(2)我国东部、中部和西部高校的科研经费分配呈现非均衡性,投入、产出规模差异化显著;(3)我国高校科研与市场不接轨,产学研难以深度融合。并提出相应建议,以期使高校相关部门负责人了解2009-2016年间我国教育部直属高校的科研经费利用效率发展变化情况,修订及完善科研政策和科研经费管理制度;同时,也为我国教育科研相关部门在高校科研经费的拨付方面提供强有力的依据和借鉴,推动我国创新驱动发展战略的实施。