司法鉴定机构制度是司法鉴定机构运行的规程或行动准则,是司法鉴定制度的重要组成部分,它直接体现并影响着司法鉴定管理体制的格局与模式,因此在整个司法鉴定制度改革中,规范并设置好司法鉴定机构制度将会对整个司法鉴定制度的改革产生积极的作用。本文在考察我国建国以来司法鉴定机构改革的历史与现状的基础上,反思了导致目前我国司法鉴定机构制度混乱状况的原因和有关改革的一些认识误区,分析了两大法系主要国家存在的两大类型司法鉴定机构制度以及对我国司法鉴定机构制度改革发展的借鉴,提出了在我国建立单轨制多元分散的司法鉴定机构制度,及其基本的架构与一些具体的制度设计。针对公安司法机关和检察机关内部设立的鉴定机构,从既能保证侦查、检察工作需要出发,又要保持其鉴定机构的客观中立性角度探讨了其机构改革的一些设想。通过本文的探讨,希望能对我国司法鉴定机构制度的改革与发展献计献策。