中药现代化是当代中药发展中一个最热门的研究方向，已成为国内外医药界的一大热点。随着中药现代化、国际化的深入发展，中药指纹图谱分析技术应运而生。中药指纹图谱分析是一种从整体上研究和鉴别复杂中药物质体系的技术工具，由于它具有指纹特征分析、谱图整体分析、宏观推断分析等特点，适合于分析复杂化学物质组成的稳定性，故在当今中药乃至天然产物质量评价中起到重要的作用。 目前，相似度作为中药指纹图谱的一个重要参数，已被国家药典委员会确定为中药指纹图谱标准中的一项重要评价指标。在获取了中药样品指纹图谱后，如何计算并评定各批次产品指纹图谱间的整体相似程度，定量描述它们各自化学组成的差异性和波动情况极为重要。为此，迫切需要研究中药指纹图谱相似性测度并建立评价相似性测度的方法，并运用计算机技术开发图谱相似度评价软件系统，以推广指纹图谱技术，这已经成为中药现代化的重要研究方向和课题。 本论文主要对中药指纹图谱相似度算法进行了分析和比较研究，并将其应用于田基黄高效液相色谱指纹图谱相似度的分析，并且在VC++平台上开发了中药指纹图谱相似度评价软件系统。主要的研究工作和成果包括以下几方面的内容： 1、研究与本课题有关的背景知识，包括中药指纹图谱的概念、分类、研究进展和国内外对指纹图谱的相关政策，色谱法的基本原理和分类，中药色谱指纹图谱构建原则以及构建色谱指纹图谱的基本步骤，常用的色谱法指纹图谱构建方法，从理论上为后继工作的展开打下了一定的基础。 2、比较研究了距离法、夹角余弦法、相关系数法和改进的Nei系数法这四种常用中药指纹图谱相似度计算方法。研究结果表明，各种相似度方法都有自己的特性。根据相似度评价方法，距离法和改进的Nei系数法对指纹图谱的波动变化具有较好的敏感性，其中距离法具有较好的综合评价能力，对大峰小峰的缺失在一定范围内都表现出较高的敏感性，改进的Nei系数法对小峰的缺失具有很高的敏感度，两者比较适用于与总量有关的中药质量分析；夹角余弦法和相关系数法对大峰的缺失比较敏感，对不同样品对应的谱峰峰面积差异(谱峰比例关系)的敏感度较高，比较适合检测指纹图谱间谱峰比例关系的变动。 3、通过与中山大学现代中药质量研究开发中心合作，进行调查研究和查阅相关指纹图谱软件的一些资料，对中药指纹图谱评价软件的开发进行了需求分析。作为该软件开发组成员，参加了该商业软件的开发工作。根据软件工程方法及其开发原则，开发组确定了软件开发环境平台，设计了实用、界面友好、功能强大 的中药指纹图谱评价软件结构，进行了相应的编程工作，并且对软件系统进行了全面的测试，初步测试表明本软件系统可以较好地进行中药指纹图谱的测定和评价。