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目的:以中国美利奴羊BAC文库中含有MHC片段的346G21及239C1克隆为材料通过酶切、末端标记制备放射性DNA探针,与已构建的中国美利奴羊cDNA文库进行噬菌体原位杂交以筛选含有MHC class I区段基因序列的目的克隆,通过对筛选出的目的克隆进行测序及生物信息学分析,研究346G21及239C1克隆所在区段中基因的组成及结构。
方法:
(1)中国美利奴羊BAC文库中含有MHC片段的346G21及239C1阳性克隆进行测序,利用GENSCAN基因预测工具(New GENSCAN Web Server at MIT)预测该克隆可能包含的基因,以该克隆为材料进行酶切,利用Taq DNA聚合酶进行放射性末端标记。利用标记好的放射性DNA探针进行噬菌体原位杂交,筛选中国美利奴羊cDNA文库,通过放射自显影技术获得目的克隆。
(2)对获得的噬菌体单克隆,利用试剂盒提供的XLOLR菌和Helper Phage将获得的噬菌体单克隆的插入片段转化至pBK-CMV载体,保存于XLOLR菌体中,提取转化后的载体质粒进行酶切鉴定。通过对目的克隆进行测序及生物信息学分析,研究346G21及239C1 BAC克隆中基因的组成进而分析该区段的基因结构。
结果:本研究对MHC ClassⅠ区段的BAC探针杂交筛选美利奴细毛羊cDNA文库的实验中32P末端标记探针的制备方法进行了改进,采用Taq DNA聚合酶替代Klenow Fragment进行末端标记,并验证了该方法适用于本实验。利用标记后的探针对探针的阳性对照DNA片段进行杂交,探讨了放射性杂交条件及杂交完成后游离探针的洗脱条件,初步判定了杂交筛选cDNA文库的条件。通过噬菌体原位杂交筛选得到了27个阳性克隆,并对其进行了测序及生物信息学分析。
结论:所制备的32P标记DNA探针适用于噬菌体原位杂交筛选cDNA文库,为cDNA文库的高通量筛选提供了一个简易的放射性探针制备及杂交筛选平台。筛选得到的cDNA单克隆经过测序分析,测序结果简单处理后利用Genbank数据库进行blastn比对,根据比对结果我们发现,经过三轮杂交筛选得到阳性单克隆,存在着假阳性。测序结果处理后,将四条序列定位于346G21及239C1两个克隆所在区段并绘制基因结构图,四条序列经比对分析,为T细胞受体编码基因。