为了研究中国奶山羊遗传多样性,应用联合国粮农组织所推荐和本实验室研究证实具有良好多态性的15对微卫星引物并结合荧光PCR技术,对6个中国奶山羊品种进行了遗传多样性检测。分析了中国培育品种崂山奶山羊、文登奶山羊、西农萨能奶山羊和关中奶山羊,引进品种萨能奶山羊和努比亚奶山羊的遗传多样性,并分析了六个种群间的系统发生关系。通过遗传学分析软件Molkin 3.0、FSTAT(Version 2.9.3.2)和POPGENE1.32分析,用MEGA5.1绘制了系统发育树,结果表明:1、所选15个微卫星位点等位基因数除BMS0812外都在7个以上,只有BMS0812为中度多态,其余为高度多态。所有位点平均PIC为0.7243,不同基因座的等位基因数差异较大,所检测等位基因数在3～29之间,各位点平均有效等位基因数在1.9173(BMS0812)～9.4839(INRA011)间,与有效等位基因数相差较大,表明等位基因分布不均匀,可能与人工选育有关。平均为11.26个,其中CSSM66、BMS1248和基因座INRA011等位基因数均达15个以上,所选15个微卫星多态性比较好。2、所有奶山羊品种所有微卫星基因座上共检测到169个等位基因,其中有效等位基因73.72个,占43.62%。所有品种杂合度都比较高,说明种群受选择、突变和遗传漂变等因素的综合影响较大。比较而言文登和崂山奶山羊观察杂合度低于期望杂合度,表明群体中纯合子个体较多,说明两品种培育时间晚,种群受选择、突变和遗传漂变等因素影响小。而萨能奶山羊、努比亚奶山羊、西农萨能奶山羊和关中奶山羊观察杂合度高于期望杂合度,表明群体中杂合子个体较多。3、种群间遗传分化及分化时间,所有奶山羊品种中总自共祖系数为0.6433,亚群内平均共祖系数0.2871,近交系数为0.2865,FIS、FST和FIT值分别为0.0009、0.0752和0.0745。FIS为正值,说明所研究的群体均处于杂合度缺失状态,存在不同程度近交现象;FST在0.05-0.15之间,说明6个奶山羊群体之间呈中等遗传分化。通过Nei氏最小遗传距离计算的分化年限,六个奶山羊品种中,文登奶山羊与崂山奶山羊的分化时间为561年,西农萨能奶山羊和关中奶山羊的分化时间为602年,说明品种间遗传分化时间较短。西农萨能奶山羊和努比亚奶山羊分化时间为2560年,萨能奶山羊和努比亚奶山羊分化时间为2460,表明它们的遗传分化时间较长。通过共祖遗传距离计算的分化时间在3209-4261之间。4、基于Nei氏最小遗传距离用UPGMA法构建的系统发生树,文登奶山羊先和崂山奶山羊聚为一类,西农萨能奶山羊和关中奶山羊聚为一类,然后又和萨能奶山羊聚为一类,最后与努比亚奶山羊聚为一类。基于Reynolds遗传距离绘制的系统发育图与其相似。基于亲缘距离绘制的UPGMA系统发育图得到,西农萨能奶山羊和关中奶山羊的亲缘距离最近,先聚为一类,亲缘距离为0.3572,文登奶山羊与崂山奶山羊、萨能奶山羊的亲缘距离接近,分别为0.4215和0.4346。基于分子共祖遗传距离绘制的UPGMA系统发育图表明,西农萨能奶山羊和努比亚奶山羊共祖距离最小,为0.1765;西农萨能和关中奶山羊共祖距离最大,为0.2344,文登奶山羊和崂山奶山羊的共祖距离为0.2339。综上所述,所选用的15个微卫星座位多态信息含量高,可作为有效遗传标记用于品种间遗传多样性和系统发生关系的分析。基于微卫星标记构建的系统进化树表明奶山羊品种间遗传进化和亲缘关系明确,遗传距离大小与地理分布距离远近相一致,反映出品种形成与进化中的生态学作用。