湖南马蓝（Strobilanthes biocullata）隶属于爵床科（Acanthaceae）马蓝属（Strobilanthes）,分布于海拔200-800m溪边石灰岩。本研究采集16个湖南马蓝野生群体,基于dd RAD测序数据和叶绿体全基因组分析不同群体的湖南马蓝的遗传多样性和遗传结构。以及通过模拟湖南马蓝植物在不同历史时期的潜在分布区,探讨湖南马蓝在历史进化过程中对气候变化的响应,以期重建冰期以来该种地理分布的变迁历史,并分析限制其潜在地理分布的主导气候变量。旨在发现湖南马蓝对环境的适应能力,分析其进化潜力和未来命运,认识其地理分布变迁历史。为南岭植物物种形成演化的研究提供理论参考,同时也是南岭地区多样性研究的一部分。也为中国南方低海拔喀斯特生境特有物种的育种和保护提供参考。主要结果如下:（1）基于dd RAD测序的分析共鉴定出184,020个高质量的SNPs数据。湖南马蓝的群体遗传多样性水平较低、近交系数大、群间遗传分化程度高,推测与湖南马蓝开花机制以及喀斯特地理分布降低其群体间基因交流有关。且其对环境较为敏感,并不能很好的适应新的环境,较难对外扩张。其中湖南涟源群体内遗传多样性最低,与其他群体遗传分化最大,开花机制已出现变化。群体遗传结构和地理分布格局相一致,以雪峰山为界将湖南马蓝野生群体划分为东南和西北两个谱系。并且东南谱系群体遗传多样性普遍高于西北谱系群体。遗传分化方向主要是从东南到西北方向。（2）基于叶绿体全基因组的分析湖南马蓝叶绿体基因组具有较低的遗传多样性。推测由于湖南马蓝群体间叶绿体基因组具有极高的保守性且叶绿体基因组在被子植物中为母系遗传,无法反应湖南马蓝群体扩散过程中十分复杂的杂交、基因渐渗事件,从而导致许多群体间系统发育结构的分辨率不足,群体间关系无法得到很好的解析。但也得出psb K-psb I,psb T-psb N,rpl36-inf A,ndh Dpsa C共4个非编码区分化速率较快,可以作为湖南马蓝种内的系统发育关系分析。本次研究得出除个别群体外,湖南马蓝的遗传分化方向大致为从东南往西北方向。（3）基于最大熵模型的分析湖南马蓝的潜在分布区主要分布于我国南岭、武陵山、雪峰山等地区,喜温暖湿润环境。从末次盛冰期、全新世中期到现代湖南马蓝的潜在分布区经历了南移皱缩,往北迁移扩张,再呈现了破碎化趋势的历程。预测到未来湖南马蓝的潜在分布区破碎化加剧,推测由于最干月降雨量的限制,未来的环境并不适宜湖南马蓝生存。（4）综合分析综合分析认为基于ddRAD的系统发育树得到的结果可靠。湖南马蓝冰期避难所在南岭,且该地区的群体遗传多样性高于其他群体。总体遗传分化方向和群体迁移方向为由东南往西北。遗传数据与生境适宜性之间存在明显的相关性。