森林资源是大自然赐给人类最为珍贵的可持续利用资源,建立自然保护区,加强森林资源的保护,对维护国家生态安全,促进国民经济发展,保护人民的根本利益具有深远意义。随着西部大开发、可持续发展战略和生态文明建设战略的逐步实施,祁连山国家级自然保护区(以下简称“祁连山自然保护区”)的森林资源在河西走廊生态建设、农民增收中的作用越来越显著,对于整个经济社会的全面、和谐、可持续发展的影响越来越突出。为了更好地了解祁连山自然保护区森林资源对环境、经济和社会所产生的影响以及客观评价森林资源的发展情况,需要采用科学的评价指标体系和评价技术进行评价,本文正是基于这个目的展开探讨和研究。本文在梳理相关理论和研究成果的基础上,尝试建立包括目标层、状态层和指标层三个等级,涵盖生态、经济和社会三个目标层下9个指标的森林生态效益评价指标体系；然后将祁连山自然保护区作为实例进行评价研究,对森林资源的社会价值进行定性分析,采用市场价值法、机会成本法、替代工程法、碳税法等方法,计算森林生态系统服务功能价值和直接经济价值,综合评价祁连山森林生态效益和补偿情况,分析认为保护区的社会经济与资源环境系统之间存在着极不协调的关系、生态效益补偿尚不到位；最后依据结论提出了保护区森林资源生态效益补偿的对策建议,即从补偿内容、补偿费构成、补偿标准、补偿基金等几个方面着手,构建符合保护区森林资源特点的补偿机制,调动人们保护森林生态系统的积极性,实现保护区自然资源的可持续发展、乃至区域社会经济的可持续发展。