始于20世纪80年代的全球性结社革命使第三部门得以迅速兴起，众多国际性非政府组织开始向国外尤其是发展中国家扩展。中国作为世界上最大的发展中国家，随着它以开放的姿态融入世界，也吸引了国际非政府组织前来开展项目活动。但由于中国独特的社会环境和政治制度，限制了国际非政府组织独立开展项目活动，而不得不转而寻求与政府和国内机构合作，并在实践中初步形成三类项目执行方式：为国内项目提供资金支持，委托执行和在签署合作备忘录后独立实施。这三种执行模式的差别，将涉及到对资源的不同利用方式，这会对项目执行效率和效果，以及组织目标的实现产生何种影响，是本研究试图探讨的问题。　　 研究以国际非政府组织最活跃的公共卫生领域为背景，选取了执行方式不同的三个有一定影响和规模的国际非政府组织的传染病治疗项目，研究对象分别为克林顿基金会云南省艾滋病防治项目，达米恩基金会内蒙古结核病治疗项目和无国界医生组织襄樊艾滋病治疗项目。出于对三个项目执行效果对比研究的需要，在参考WHO和国内类此项目评估的核心指标后，梳理出传染病治疗项目工作逻辑模型，并建立了适用于本研究的评估体系并完成指标量化。通过收集已发布的项目资料，工作人员访谈和问卷调查，收集数据信息，进行评估比较。　　 在对三个项目执行情况做整体比较后，研究进一步对几个能客观反映执行效率与效果的重点指标如治疗覆盖率、经费使用效率等逐一进行分析对比，剖析不同执行方式下指标完成的有利和不利因素。从三个项目执行情况的比较中看到，在不同的项目执行方式下，项目的运作效率和效果有显著差别。在12个反映执行效率的指标中，依靠合作方体系来执行的项目，66％的指标都能够完成；而脱离合作方的体系，只完成33％。揭示了由于缺乏合作方的配合，导致项目效率下降、成本增加。通过对项目执行过程和数据的进一步分析还发现，第一种和第二种合作方式虽然都通过当地体系运作，但在执行效率上也会有所差别，主要表现在执行力度、资源利用和与原有服务体系衔接上的区别。但另一方面，过于依赖政府行为执行项目又背离非政府组织的宗旨，无助于探索新型的公共服务模式。　　 在评估基础上，本文总结了不同规模、类型和关注不同领域的国际非政府组织，在项目执行方式选择中需要考虑的因素，并列举了国内潜在的合作伙伴和可行合作途径。从而为国际NGO在这一领域如何寻求与国内方合作和建立理想的项目经营模式提供借鉴。