棉花是最主要的天然纤维作物,也是世界上重要的油料作物。棉花广泛种植于热带和亚热带地区,其纤维产物被称为“白金”,反应全基因组的遗传图谱对深入研究棉花的遗传及其种质资源转育利用显得尤为重要。棉花基因组庞大,基因组测序的结果需要通过高密度遗传图谱进行组装。遗传图谱确定了分子标记在染色体上的相对位置,并基于重组事件对功能基因进行定位。遗传图谱不仅可以让我们更容易理解基因组的组织和结构,还可以将优良性状基因标记起来用于作物改良。基于PCR标记的遗传图谱对于分子标记辅助选择将更有效。现已证实,陆地棉品种的遗传基础过于狭窄,急需引入棉属野生种中优良种质资源基因。因此,了解棉属野生种基因组信息显得尤为关键。毛棉是棉属五个四倍体种之一,它含有许多有用的基因,如抗逆性等,可用于改良陆地棉栽培品种。目前高密度遗传图谱的研究多限于海岛棉与陆地棉的种间群体,我们则利用野生种毛棉来构建遗传图谱。根据雷蒙德氏棉基因组测序后拼接获得的174个scaffolds,设计SSR引物。其中101个scaffolds共包含了449个SSR位点,从中开发了428对SSR引物。平均每28.7kb包含一个SSR位点,在染色体上的分布频率为58%,数量最多的是三碱基重复基元和六碱基重复基元,分布频率分别为20.9%和38.3%。每个SSR位点的平均长度为20bp,变化范围为18-22bp。利用种间杂种组合的亲本中棉所12和毛棉对新设计引物筛选,多态率为16.59%。35对多态性引物扩增出的34个位点被定位在遗传图谱上,使我们新构建的遗传图谱上的gSSR数量由1575增加到1609。其中88.24%新增加位点被定位在基因组的D亚组上,由此推测毛棉的D亚基因组可能经历相关的进化过程,不过还要经过进一步的研究证明。我们以陆地棉与野生种毛棉(中棉所12×毛棉)F2群体,构建了一个完全基于SSR标记的高密度遗传图谱。该图谱包含26个连锁群(染色体),3093个标记位点,位点间平均距离为1.48cM,共覆盖4365.3cM的遗传距离。单条染色体上的标记数在65-215之间,平均118.96个。分布在D亚组上的标记数目(51.86%)多于A亚组上(48.14%)。最长的染色体为218.38cM,最短的染色体为122.09cM,染色体平均长度为167.90cM。A亚组共覆盖遗传距离2189.01cM,位点间平均距离为1.53cM,D亚组共覆盖遗传距离2176.29cM,位点间平均距离为1.43cM。从定位的位点来看,最短的同源染色体对为Chr.04(A04)与22(D04),最长的同源染色体对为Chr.05(A05)与19(D05)。连锁图谱上偏分离标记共716个,位于A亚组偏分离标记位点比例为21.23%,D亚组上25.06%。图谱上共有49个偏分离热点区(SDR),同样分布于D亚组上的多于A亚组。SDR内的偏分离标记的偏分离方向基本一致。在“A2/A3”和“A4/A5”发现两处棉花染色体多倍化后的重排,涉及到7对位点。据我们所知该图谱是目前棉花上最密的3张图谱之一,且是第一张完全基于SSR标记的野生种毛棉与陆地棉种间高密度遗传图谱。该图谱不仅在毛棉基因组研究上具有重要的作用,同时在棉花基因组结构和功能、比较基因组学、野生棉抗逆等优良性状的QTL定位、基因的图位克隆以及标记辅助选择等研究上都具有重要意义。