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猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus，PRRSV)自发现以来，已经在世界范围内流行了30多年，是严重危害养猪业的重要病原体。该病毒能够引起猪群发生猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)，主要表现为患病妊娠母猪的流产等繁殖障碍和所有年龄段猪的呼吸道症状及死亡。PRRSV危害我国养猪业已经超过了20年，给养猪业带来了巨大的经济损失。PRRSV是一种有囊膜包裹的单股正链RNA病毒，分为PRRSV-1（欧洲型PRRSV）和PRRSV-2（美洲型PRRSV）。PRRSV-2分为9个谱系。我国主要流行的是PRRSV-2的1、3、5和8谱系，其中近年来位于谱系1的类NADC30毒株已逐渐成为优势毒株，给PRRS的防控带来了极大阻力。本文对PRRSV类NADC30毒株进行了遗传变异分析，并建立了一种基于CRISPR-Cas13a的PRRSV检测新方法，从而为PRRS的防控提供一定的支撑。
为了了解PRRSV类NADC30毒株的遗传变异特性，本文获得了10株PRRSV类NADC30毒株的全基因组序列，并对其进行了基因组注释，基因组及ORFs核苷酸序列相似性分析，结构蛋白和非结构蛋白的氨基酸序列相似性分析，NSP2蛋白缺失特征分析，ORF5、NSP2和全基因组的系统发生树构建，基因组重组分析，糖基化蛋白的抗原表位分析及GP5蛋白的N-糖基化位点分析。结果显示10株毒株的基因组全长在15004-15020bp，全长基因组与LV(PRRSV-1代表毒株)的相似性为59.8-60.1％，与VR2332（PRRSV-2代表毒株）的相似性为84.7-86.7％，与NADC30的相似性为90.5-94.3％，且NSP2蛋白均具有与NADC30一致的131个不连续氨基酸缺失，表明10株毒株均为PRRSV类NADC30毒株。氨基酸序列相似性分析表明10株毒各个蛋白的氨基酸序列均有不同程度的变异。NSP2和全基因组的系统发生树显示10株毒均处于谱系1的类NADC30分支，而ORF5的系统发生树显示7株毒处于类NADC30分支，3株毒处于其它分支，表明PRRSV类NADC30毒株的遗传多样性较为复杂。基因组重组分析表明10株毒中有8株具有重组现象，且重组模式多样，表明PRRSV类NADC30毒株存在广泛的重组现象。糖基化蛋白的抗原表位分析显示10株毒的GP3蛋白的91～105aa抗原表位和GP4蛋白的抗原表位变异较大。GP5蛋白的N-糖基化位点分析显示10株PRRSV类NADC30毒株GP5蛋白的N-糖基化模式多样。此外，本文初步评价了15株PRRSV类NADC30毒株的MARC-145细胞适应性，结果表明多数类NADC30毒株不能良好的适应MARC-145细胞。
PRRSV检测与鉴定是研究与防控PRRS的前提，然而常用于检测PRRSV核酸的RT-PCR和RT-qPCR等方法需要依赖于精密的设备，在现场和基层实验室使用中具有一定的局限性。因此，本文建立了一种基于CRISPR-Cas13a的可目视检测的、敏感的和特异的PRRSV核酸检测新方法，新方法是在37℃条件下进行的等温检测，且可以用于实时分析和目视检测。新方法的检测极限是172拷贝/μL，与猪圆环病毒2型(porcine circovirus2，PCV2)、猪细小病毒(porcine parvovirus，PPV)、猪瘟病毒（classical swine fever virus,CSFV）和伪狂犬病毒(pseudorabies virus，PRV)没有交义反应性，并且新方法能够很好的应用于临床样品的检测。
为了了解PRRSV类NADC30毒株的遗传变异特性，本文获得了10株PRRSV类NADC30毒株的全基因组序列，并对其进行了基因组注释，基因组及ORFs核苷酸序列相似性分析，结构蛋白和非结构蛋白的氨基酸序列相似性分析，NSP2蛋白缺失特征分析，ORF5、NSP2和全基因组的系统发生树构建，基因组重组分析，糖基化蛋白的抗原表位分析及GP5蛋白的N-糖基化位点分析。结果显示10株毒株的基因组全长在15004-15020bp，全长基因组与LV(PRRSV-1代表毒株)的相似性为59.8-60.1％，与VR2332（PRRSV-2代表毒株）的相似性为84.7-86.7％，与NADC30的相似性为90.5-94.3％，且NSP2蛋白均具有与NADC30一致的131个不连续氨基酸缺失，表明10株毒株均为PRRSV类NADC30毒株。氨基酸序列相似性分析表明10株毒各个蛋白的氨基酸序列均有不同程度的变异。NSP2和全基因组的系统发生树显示10株毒均处于谱系1的类NADC30分支，而ORF5的系统发生树显示7株毒处于类NADC30分支，3株毒处于其它分支，表明PRRSV类NADC30毒株的遗传多样性较为复杂。基因组重组分析表明10株毒中有8株具有重组现象，且重组模式多样，表明PRRSV类NADC30毒株存在广泛的重组现象。糖基化蛋白的抗原表位分析显示10株毒的GP3蛋白的91～105aa抗原表位和GP4蛋白的抗原表位变异较大。GP5蛋白的N-糖基化位点分析显示10株PRRSV类NADC30毒株GP5蛋白的N-糖基化模式多样。此外，本文初步评价了15株PRRSV类NADC30毒株的MARC-145细胞适应性，结果表明多数类NADC30毒株不能良好的适应MARC-145细胞。
PRRSV检测与鉴定是研究与防控PRRS的前提，然而常用于检测PRRSV核酸的RT-PCR和RT-qPCR等方法需要依赖于精密的设备，在现场和基层实验室使用中具有一定的局限性。因此，本文建立了一种基于CRISPR-Cas13a的可目视检测的、敏感的和特异的PRRSV核酸检测新方法，新方法是在37℃条件下进行的等温检测，且可以用于实时分析和目视检测。新方法的检测极限是172拷贝/μL，与猪圆环病毒2型(porcine circovirus2，PCV2)、猪细小病毒(porcine parvovirus，PPV)、猪瘟病毒（classical swine fever virus,CSFV）和伪狂犬病毒(pseudorabies virus，PRV)没有交义反应性，并且新方法能够很好的应用于临床样品的检测。