通过对在云贵高原上越冬的117个黑颈鹤个体的17个微卫星位点进行的基因分型(genotyping)，发现云贵高原上的两个黑颈鹤越冬种群间有显著的分化(FST=0.19)。并且黑颈鹤越冬种群的遗传结构与其地理分布基本相吻合。从而推测在黑颈鹤的越冬和繁殖地点之间有着较强的迁徙连接性。　　 黑颈鹤的种群遗传结构显示这种鹤类具有较强的迁徙连接性，这与之前环志以及卫星跟踪的数据结果相符合。这种较强的迁徙连接性可以由其越冬地的由东至西的分布模式以及环境异质性来解释。此外，野外所观察到的黑颈鹤的越冬配对行为也在一定程度上造成了各个越冬种群之间的基因流障碍。对于这种迁徙连接性较强的物种来说，在保护上是相对易于管理的。但是由于黑颈鹤种群之间的分化，损失掉的任何一个种群对这个物种来说都是遗传多样性的损失。同时由于黑颈鹤对地方特殊环境的适应，以及迁徙路线停歇地的固定性也导致了黑颈鹤在面对环境变异，如全球变暖，时的易受攻击的脆弱性。所以要对其各个种群进行长期的检测，避免由于栖息地丧失等人为干扰导致其遗传多样性的丧失。