基于CDISC标准的EDC临床试验数据标准化研究

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研究目的随着国家监管部门对临床试验数据质量要求的逐渐提高,使用电子数据采集(Electronic Data Capture,EDC)系统和临床数据交换标准协会(Clinical Data Interchange Standards Consortium,CDISC)标准成为必然趋势。CDISC提供一系列标准涵盖试验设计、数据收集、交换、递交和分析多个过程。目前国内临床试验过程中仍存在一些不规范之处,临床试验从方案设计到数据收集交换分析的全生命周期若均能使用CDISC标准,可提高试验数据标准化程度,保证数据质量。临床试验方案设计是否合理与完整是一个试验成功与否的基础,利用CDISC中的方案表述模型(Protocol Representation Model,PRM)不仅可以为研究方案撰写提供标准化的参考和指导,还可以对已完成撰写的方案进行标准化程度评估,提高研究方案质量。临床试验过程中涉及外部实验室数据交流时,常常由于传送数据没有统一格式而需要进行多次数据转换处理,无法形成可重复利用的处理程序,因此造成时间和人力成本的增加,根据实验室数据模型(Laboratory Data Model,LAB)形成统一的传输格式可在一定程度上解决这个问题。当前国内临床试验电子化和标准化仍处于初级发展阶段,行业内EDC系统应用水平参差不齐,存在不少纸质研究项目依旧采用Epidata软件进行数据转录或使用EDC进行已收集数据再电子化录入的情况,这些数据变量命名、数据结构均与CDISC标准相差较大,可利用SAS编写自动化程序将这类非标准原始数据按照临床数据获取协调标准(Clinical Data Acquisition Standards Harmonization,CDASH)进行整理,提高数据标准化水平,并进一步向其他数据标准转化。目前针对CDISC核心标准间的数据转化已有一些研究,如线性法、混合法。但在一些不需要向监管机构递交数据的情况中,如非注册临床研究,如何简化数据整理过程,直接从CDASH标准向分析数据模型(Analysis Data Model,ADaM)标准进行映射的问题缺乏研究。研究方法本研究基于EDC系统进行实例数据收集,通过对多个数据阶段应用相应CDISC标准对该实例的方案信息和原始数据进行标准化研究。根据PRM提供的方案关键信息大纲形成模板,提取研究方案中核心信息,按照提取信息匹配程度初步评估试验方案设计的标准化程度,并将该部分信息存储为单独文件供日后重复使用。利用SAS将外部实验室检测数据合并至整体数据集,对照LAB中字段信息,利用SAS编写程序生成分隔符平面文件(flat file),并进一步编写宏程序设计可拓展标记语言(Extensible Markup Language,XML)对应字段模板,生成LAB格式的XML传输文件。根据非标准数据的整理需求,编写数据标准化整理SAS宏程序,结合填写Excel参数表,将从EDC或其他数据库导出的非标准数据统一进行变量名标准化重命名、数据结构转化,按照CDASH域生成对应数据集。在本课题组线性法工作基础上,分析CDASH数据与ADaM数据差别,编写SAS工具宏处理新增的数据映射需求,并将工具宏嵌入原始主程序,保持CDISC数据自动化系统一致性。研究结果按照PRM模板摘取某狂犬疫苗研究方案中相关信息,找到对应信息点,根据提取信息的完整程度评价该试验方案满足基本的标准化要求,此外,提取数据可存为单独数据文件,用于其他数据管理步骤,为数据管理过程提供便利。利用SAS完成LAB字段的批量规范化整理,利用PROC EXPORT语句直接生成分隔符数据文件,利用SAS编写宏程序将XML文件中各层次字段信息编写为模板,读取实验室数据集中对应数据,生成有效的XML文件。编写SAS宏程序,并以Excel作为宏参数的组织及调用载体,实现非标准变量名称和标签的修改,横向数据结构向纵向数据结构的转化,并最终按域生成CDASH数据集。分析课题组线性法SAS自动化主程序,将编写的工具宏嵌入,实现从CDASH自动化生成ADaM数据集。研究结论借助PRM大纲可形成便于应用的模板文件,可进行方案信息条目化提取,根据提取信息可初步评价方案标准化程度,该模板文件还可以为研究方案的撰写和修改提供参考。根据模板文件中存储的方案内容,能够方便重复利用方案信息,加速方案信息的映射,避免从整个方案中多次寻找,可提高信息复用效率。根据LAB模型生成的平面数据文件可以直接用SAS语句读取,由于使用统一的字段信息,不仅文件内变量信息明确,易于理解,还可以避免重复编程,而XML格式文件更适合其他数据管理软件平台解析,根据提供的Schema文件可开发固定的功能接口,实现数据自动对接。通过填写Excel参数表和调用对应SAS宏程序,可快速得到CDASH和ADaM数据集,实现非标准数据的标准化整理和转化。用于数据标准化整理的程序通用性和灵活性较高,可根据实际需要组合调用,适应各种形式的非标准数据。用于生成ADaM数据集的自动化程序添加工具宏后丰富了数据转化能力,提高了程序通用性。
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