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鱼类皮肤和鳃黏膜免疫系统在抵抗病原微生物感染过程中发挥重要作用。本研究以嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)浸泡感染鲫鱼(Carassius auratus)为实验动物模型,通过Illumina Hiseq2000高通量测序结合实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术,对诱导前后鲫皮肤和鳃转录组测序分析。结果表明,鲫皮肤转录组获得13290171480 nt个读序,共组装Unigene118111个基因,平均长度958nt,其中有94776个基因注释;鲫鳃获得9776335500 nt个读序,共组装Unigene104213个基因,平均长度928 nt,其中有84259个基因注释。基于GO、KEGG数据库分析等发现主要有抗原加工和呈递、吞噬小体、细胞粘附分子、趋化因子、细胞周期、补体和凝血系统、NK细胞介导细胞毒作用、细胞凋亡、TLR、NF-κB、BCR、TCR、NLR、JAK-STAT、MAPK、TGF-β、p53、Wnt、VEGF、Notch和mTOR等信号通路参与皮肤和鳃黏膜免疫应答过程。根据嗜水气单胞菌诱导鲫皮肤和鳃差异表达基因(DEGs),筛选获得11个皮肤、12个鳃免疫相关基因并设计特异性引物,以鲫β-Actin为内参基因,采用qRT-PCR方法对皮肤和鳃转录组测序结果进行基因表达水平验证分析。结果表明,鲫皮肤免疫相关基因包括C反应蛋白(CRP-2)、主要组织相容性复合体Ι(MHC-Ι)、主要组织相容性复合体II(MHC-II)、补体(C7)基因差异表达高于5倍以上,并且MHC-Ι、CRP-2、核转录因子抑制蛋白(IkBα)、肿瘤坏死因子(TNFβ)、S-腺苷甲硫氨酸基区域蛋白2(RSAD2)、肿瘤坏死因子受体相关因子(TRAF6)等基因表达水平在嗜水气单胞菌感染6h上调表达显著;MHC-II、C7、白细胞介素(IL-22)、干扰素诱导GTP结合蛋白(Mx1)基因在感染12h差异表达倍数较高,结果显示qRT-PCR检测结果与鲫皮肤转录组测序分析基本一致。对嗜水气单胞菌诱导鲫鳃免疫相关基因进行基因表达水平验证分析,其中发现MHC-I基因、白细胞介素(IL-17C)基因差异表达高于5倍以上,结果显示与鳃转录组测序分析结果基本一致,并且qRT-PCR值偏高。本研究首次对嗜水气单胞菌感染诱导鲫皮肤和鳃免疫应答转录组学分析,有助于了解鱼类皮肤和鳃黏膜免疫系统的分子机制。