独立办学医学院校是我国医学人才培养的主要渠道。上世纪90年代末开始的高等教育管理体制改革和结构布局调整,推动一批医学院校与综合大学合并,打破了1952年院系调整以来医学院校长期独立办学的格局,从而形成了综合大学医学院与独立办学医学院校并存的高等医学教育办学模式。近年来,本科教育质量革命愈演愈烈,高等教育从外延式发展步入内涵式发展。从“双一流”计划的一流大学到一流学科到“双万”计划的一万个国家级一流专业和省级一流专业,专业建设成为高等教育内涵式发展的重点和根本。专业是高校人才培养的基本单元和核心元素,一流专业是一流本科的基础,综合大学医学院专业数量少、培养规模小、奉行以培养研究型医学人才为主的精英教育模式,因此独立办学医学院校的人才培养模式尤其值得关注。独立办学医学院校专业设置的合理性直接影响到地方医疗卫生事业的发展,优化专业结构是我国独立办学医学院校提高办学水平、提升人才培养质量的基础步骤和必由之路。本研究选取办学历史悠久、办学规模稳定的49所独立办学医学院校为研究对象,首先梳理了本科专业设置的研究进展,形成文献综述并界定相关概念。其次把我国医学院校的发展分为四个时期,对每个时期的发展及其原因进行探究;从调查研究的基础上对我国独立办学医学院校的专业数量、专业结构、专业类型、专业增设与撤销情况、一流专业建设情况等专业设置情况进行了系统分析。通过上述研究得出以下结论:一是通过对我国医学院校本科专业设置的历史发展进行分析,总结出我国医学院校专业设置管理模式的改变。二是分析我国独立办学医学院校专业设置的情况,发现独立办学医学院校本科专业设置存在专业数量发展不合理、专业撤销速度缓慢、学科覆盖过大过全、办学特色淡化等问题。并在相关研究基础上提出我国独立办学医学院校专业设置优化的对策建议:一是合理调整专业数量,增加医学相关专业比重;二是建立动态专业调整机制,从供给侧出发优化专业结构;三是发挥学术权力在专业设置中的主导作用;四是建立以学生为中心的专业调整多方监管机制。