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质谱技术是研究蛋白质翻译后修饰的主要手段，而磷酸化是目前研究最为透彻的一种蛋白翻译后修饰。但是，磷酸化蛋白的丰度较低，因此对磷酸化肽段进行有效富集是质谱鉴定成功的关键。常用的磷酸化肽段富集方法有免疫沉淀法、TiO2层析技术、IMAC和SIMAC等，随着磷酸化蛋白质组学研究的日渐成熟，许多研究小组比较了上述磷酸化肽段富集技术的优劣势。SCX是最早建立的多维液相分离技术，其原理是根据肽段的带电量不同，逐步提高盐溶液浓度梯度洗脱SCX柱得到逐级分离的样品。近年来，不少实验室将SCX和IMAC两种方法结合起来，在全细胞磷酸化蛋白组的研究中取得了很好的效果。本论文通过SCX肽段分离，IMAC磷酸化肽段富集以及液相色谱联用质谱Triple TOF5600方法鉴定RAW264.7全细胞磷酸化蛋白组。 以约3mg RAW264.7全细胞蛋白为起始样品，采用FSAP的方法得到胰蛋白酶酶解肽段，然后将这些肽段进行SCX处理得到12个组分，接着通过IMAC富集每个组分的磷酸化肽段，将富集到的磷酸化肽段脱盐处理后进行LC-MS/MS分析，最终，得到10331个非冗余肽段和4348个非冗余磷酸化肽段。为了验证系统的稳定性，以5mg蛋白起始量重复了上述操作，得到的肽段和磷酸化肽段数目分别为12217个和6706个，后者比文献报道（约3900）多出了71.9％。3mg和5mg蛋白起始量得到的磷酸化肽段数目占总肽段数目的比例分别为42.1％和54.9％,比文献报道的70％略低，可能是蛋白起始量不足引起的。此外，还分析了各个组分的磷酸化和非磷酸化肽段的分布，并对丝氨酸和苏氨酸磷酸化的肽段进行motif-X基序分析。