目的通过分析肝癌组织及其癌旁正常组织的基因表达谱,挖掘更多与肝细胞癌发生及进展有关的长链非编码RNA(lncRNA)及相关蛋白质,为与临床早期肝癌的发现、诊断及治疗相关的分子标志物及药物治疗靶点的挖掘提供更多的理论依据。方法采取Illumina NextseqTM CN 500 System高通量测序技术对选取自2017年6月-2017年10月期间在福建医科大学附属泉州市第一医院肝胆外科治疗的3例肝癌患者切除的3对肝癌/癌旁正常组织进行基因表达谱的差异筛选及生物学功能分析,预测差异表达lncRNA潜在的作用靶点、生物信息学通路,及其与相邻编码基因、转录及表达产物的相关性。结果1.按差异倍数(Fold Change)≥2且伪发现率期望值FDR<0.05作为筛选标准,筛选得到肝癌及癌旁正常组织差异表达的lncRNA共195个,GO聚类分析和KEGG分析发现这些差异表达的lncRNA与T细胞、白细胞、单核细胞等细胞的细胞粘附、细胞粘附调节、细胞活化及增殖等生物过程和神经活性配体-受体相互作用、细胞因子-细胞因子受体相互作用、Th17细胞分化、Th17与Th2细胞分化、细胞粘附分子(CAM)、T细胞受体信号通路、同种异体移植排斥、移植物抗宿主病、造血细胞谱系、I型糖尿病、炎症性肠病(IBD)、氮代谢等代谢通路相关。2.进一步筛选分析IFNG-AS1、NBAT1、SIRPG-AS1、CECR7、ELOVL2-AS1、NPSR1-AS1、HAGLR、BPESC1等8个显著差异表达的lncRNA,发现上调表达的IFNG-AS1、NBAT1、SIRPG-AS1与80个mRNA具有高度的共表达关系,下调表达CECR7、ELOVL2-AS1、NPSR1-AS1、HAGLR、BPESC1与99个mRNA具有高度共表达关系,并分别对共表达的mRNA进一步分析,上调表达的3个lncRNA相关的mRNA主要参与了免疫反应调节细胞表面受体信号通路、调节淋巴细胞活化、免疫应答激活细胞表面受体信号通路、体液免疫应答等生物过程和细胞因子-细胞因子受体相互作用、系统性红斑狼疮、Th17细胞分化、原发性免疫缺陷等代谢通路;下调表达的5个lncRNA相关的mRNA主要参与了通过质膜粘附分子介导的同嗜性细胞粘附、经由质膜粘附分子的细胞-细胞粘附、经质膜的钙依赖性细胞-细胞粘附、突触组织、内向整流钾通道活动等生物过程及致心律失常性右心室心肌病(ARVC)、卟啉和叶绿素代谢、抗坏血酸与醛酸代谢、氮代谢、戊糖和葡萄糖醛酸的相互转化、药物代谢-其他酶等代谢通路。3.对差异基因作蛋白质网络互作分析显示,SIRPG蛋白(信号调节蛋白γ)在肝癌组织中显著高表达,而ECEL1(内皮素转换酶样1)、RHO及PCDHA2蛋白(原钙黏蛋白a2)的表达水平则显著下调。结论1.相对于正常癌旁组织,肝癌组织中存在显著lncRNA差异表达,其可能通过某些生物学过程或者信号通路影响着肝癌的发生、发展甚至是预后。2.差异表达lncRNA可能通过SIRPG蛋白(信号调节蛋白γ)、RHO及PCDHA2蛋白(原钙黏蛋白a2)等参与肝癌的发生、发展。在临床上,SIRPG蛋白、RHO及PCDHA2蛋白与AFP联合检测或许能为早期肝癌的血清学诊断带来新的进展。3.对上述发现的关键lncRNA及蛋白质在肝细胞癌的发生、发展中的作用及机制进一步挖掘研究,有望为肝细胞癌的诊疗甚至是预后提供新的分子标记和潜在的新靶点,让我们在探寻新的肝癌分子标记物及治疗靶点的路上走得更远,为后续的研究提供更多的方向及实验依据。