慢性间歇缺氧纤维化大鼠模型心房组织中lncRNA表达谱的研究

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目的:在慢性间歇性缺氧状态下建立心房纤维化模型后,使用高通量测序技术分析心房组织中的lncRNA表达谱,通过RT-PCR验证深度测序结果的可靠性,并进行生物学分析,为心房纤维化的上游治疗方法提供新的思路及方向。方法:(1)建立大鼠慢性间歇缺氧心房纤维化模型将40只SD大鼠随机分为对照组(C组),间歇缺氧组(CIH组),通过对CIH组大鼠连续间歇缺氧4周建立大鼠心房纤维化模型。建模完成后检查两组大鼠心脏超声,同时测量大鼠血压、心电图。最后获取大鼠心房组织后通过HE染色观察模型组与对照组心肌细胞的排列及大小;Masson染色比较对照与模型组心房组织胶原纤维含量的变化;免疫组织化学及Western bolt比较两组纤维化相关因子(Ⅰ型胶原、 Ⅱ Ⅲ型胶原、CTGF、TGF-β1)的变化,从而验证模型建立成功。(2)慢性间歇缺氧模型中心房组织的lncRNA表达谱研究采用高通量测序技术检测9对心房组织中lncRNA的表达谱,并筛选差异表达lncRNA,绘制火山图、聚类图等显示差异表达的lncRNAs。随机选取5个差异表达的lncRNAs(NONRATT011456.2,NONRATT013797.2,NONRATT033351.1,NONRATT001596.2,NONRATT01396.2)进行RT-PCT实验,验证高通量测序的准确性。采用GO分析、KEGG富集分析预测差异表达的lncRNA的潜在功能。使用“miRanda”等数据库对碱基序列进行miRNA-target(miRNA-mRNA或miRNA-lncRNA)调控关系预测,并根据结果建立lncRNA-miRNA-mRNA共表达网络。结果:(1)慢性间歇缺氧4周后,两组大鼠体重和心脏重量未出现统计学差异。心脏超声发现CIH组大鼠的平均肺动脉压和左心房内径较对照组明显增加,但两组间的左心室收缩和舒张末期内径、室间隔厚度以及左心室的射血分数都无统计学意义。两组大鼠的血压、心电数据未出现显著差异。(2)HE及Masson染色后发现,CIH组心房肌细胞排列紊乱,心房肌细胞体积也有一定的增大,细胞核大小不均,排列紊乱,心肌断裂,间隙增大。与对照组大鼠相比,CIH组心肌间质纤维化明显,纤维组织增生显著,可见大量胶原纤维染成蓝色条索状广泛分布,CIH组大鼠心房组织胶原分数较对照组升高了47%。免疫组织化学及Western blot结果显示,CIH组大鼠心房肌组织Ⅰ型胶原、 Ⅲ型胶原、CTGF、TGF-β1蛋白表达较对照组均明显增加。(3)LncRNA表达谱:根据高通量分析结果提示,检测出lncRNA共23528条差异表达的基因,其中457条新预测的lncRNAs,对照组与模型组相比,具有2倍(|log2FC|>1)以上差异的lncRNAs有285条,上调lncRNAs有120条,下调的有165条。上调的lncRNA差异最显著的为NONRATT015292.2(log2FC=7.05429,P=0.010054),下调的lncRNA差异最显著为NONRATT022310.2(log2FC=-7.07017,P=0.001434)。(4)RT-PCR验证结果:与对照组相比,慢性间歇缺氧组的NONRATT011456.2,NONRATT013797.2,NONRATT033351.1,NONRATT016396.2表达上调,与高通量测序趋势相同,且具有统计学差异。NONRATT001596.2验证结果与高通量测序结果虽然有相同趋势,但是两组之间无统计学差异。(5)利用生物学软件分析这些差异表达lncRNAs:GO富集显示差异表达lncRNA显著富集的生物功能是细胞过程、单生物过程、生物调节等,富集最显著的细胞组分为细胞、细胞部分、细胞器等;富集最显著分子功能为结合、催化活性、核酸结合转录因子活性。KEGG分析发现,差异表达的lncRNA主要富集在NF-κB信号通路、TGF-β1信号通路、IL-17信号通路。LncRNA-miRNA-mRNA共表达网络建立:利用差异的miRNA、mRNA、lncRNA分析,共获得5603对ceRNA。结论:(1)通过慢性间歇缺氧成功建立心房纤维化模型,可用作心房纤维化研究;(2)慢性间歇缺氧心房纤维化模型大鼠心房组织与对照组有大量差异表达的lncRNA;(3)从高通量测序结果中随机挑选5个差异表达lncRNAs,通过RT-PCR再次检测验证发现二者结果趋势一致,提示高通量测序结果较可信;(4)利用生物学软件分析这些差异lncRNA可能参与TGF-β、NF-κB等多个生物学过程,根据差异表达lncRNA建立lncRNA-miRNA-mRNA的共表达网络,提示差异表达的lncRNA可能与房颤、心房纤维化发病密切相关。
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