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主要组织相容性复合体（Major Histocompatibility Complex，MHC）是由一组紧密连锁的、高度多态的编码主要组织相容性抗原的基因所组成，集中分布于脊椎动物某染色体上的一个特定的遗传区域，是一个与免疫应答和抗病性密切相关的多基因家族。现有研究表明，鸡对马立克氏病的抗性高低在很大程度上由遗传原因所决定，而主要组织相容性复合物（MHC）基因群与马立克氏病的抗性有着紧密联系，特别是MHC基因的B-F亚区的多态性，更对鸡的马立克氏病抗病性有重大影响。本研究主要对AA肉鸡、A03鸡、E1系鸡和胡须鸡4个品种（群体）鸡的MHC-B-F基因外显子2、3进行了序列测定，获得了完整的外显子2、3核苷酸序列，分析结果表明：MHC-B-F基因外显子2区域全长264bp，T+A含量为36.6％，G+C含量为63.5％，G+C含量明显高于T+A含量；共检测到50个变异位点，约占分析位点的18.94％，其中单一多态位点18个，约占6.82％；简约信息位点32个，约占12.12％；多态变异类型以颠换的次数略多。44个个体共发现39种单倍型，平均单倍型多样度较高，达到0.988±0.010，平均核苷酸差异数为9.795，核苷酸多样度为3.710％；4个鸡品种间的遗传距离在0.03081～0.06388之间，其中E1系鸡和A03鸡之间的遗传距离最小（0.03081），胡须鸡和A03鸡之间的最大（0.06388）；外显子2编码88个氨基酸残基，除不编码苯丙氨酸F（Phe）、谷氨酰胺Q（Gln）外，其余18种常见氨基酸的含量差异较大，其中以苏氨酸T（Thr）的含量最丰富，达到17.00％，有28个氨基酸变异位点。外显子3区域全长273bp，T+A含量为43.1％，G+C含量为56.8％，G+C含量高于T+A含量；共检测到49个变异位点，约占分析位点的17.95％，其中单一多态位点16个，约占5.86％，简约信息位点33个，约占12.09％；转换次数高于颠换次数，其中转换变异类型中以A／G转换为主，颠换以A／T颠换为主；47个个体中共发现45种单倍型，平均单倍型多样度较高，达到0.998±0.005，平均核苷酸差异数为10.924，核苷酸多样度为4.002％；4个鸡品种间的遗传距离在0.03404～0.05435之间，其中AA肉鸡和胡须鸡之间的遗传距离最小（0.03404）胡须鸡和A03鸡之间的最大（0.05435）；外显子3编码91个氨基酸残基，除不编码组氨酸H（His）外，其余19种常见氨基酸的含量差异较大其中以精氨酸R（Arg）的含量最丰富，达到14.55％，有25个氨基酸变异位点。表明鸡MHC-B-F基因外显子2、3的序列均表现出了高度的多态性，并且其序列的多态性更多地在氨基酸水平上表现。聚类分析发现MHC-B-F基因外显子2和3的遗传来源主要有两类，这两类在不同品种或群体间均有分布。