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蜡样芽孢杆菌是条件致病菌，广泛存在于自然界，通常引起呕吐和腹泻两种食物中毒。本研究，采用MPN法、鉴别培养基并结合ITS序列分析，检测、分离和鉴定了138份市售大米样品的蜡样芽孢杆菌检出情况。国内134份样品，109(81.3%)份检出蜡样芽孢杆菌群微生物；107份(79.9%)检出蜡样芽孢杆菌(含菌量为3.0～>1100CFU/g)，均值39.1CFU/g；7(5.2%)份检出苏云金芽孢杆菌，含菌量均值3.8CFU/g；1份(0.7%)检出蕈状芽孢杆菌，含菌量7.2CFU/g。原料源于泰国的3份样品中，蜡样芽孢杆菌检出率100%，含菌量16.9CFU/g；苏云金芽孢杆菌检出率66.7%，含菌量4.7CFU/g；而越南1份样品只检出苏云金芽孢杆菌，含菌量150.0CFU/g。共分离有285株蜡样芽孢杆菌群微生物，268株蜡样芽胞杆菌，16株苏云金芽孢杆菌，1株蕈状芽孢杆菌。不同气候区域、不同加工工艺的大米蜡样芽孢杆菌含量有显著差异(P<0.05)。蜡样芽孢杆菌对有利生长繁殖的气候区域有一定的选择性。利用PCR检测呕吐毒素合成相关基因ces，细胞毒素K基因cytK1、cytK2，溶血素BL基因hblC；非溶血性肠毒素基因nheB。各地区蜡样芽孢杆菌毒素检出率不等，在不同的气候区域，蜡样芽孢杆菌毒素的分布差异也极为显著(P<0.0001)。nheB(75.0%)在蜡样芽孢杆菌中普遍存在，其次是cytK2(55.2%)和hblC(43.3%)，cytK1检出率为零，90.3%(242/268)的菌株至少携带一种以上的肠毒素基因，即各地区蜡样芽孢杆菌普遍携带肠毒素基因。蜡样芽孢杆菌分离株在8℃～48℃可生长。18(6.7%)株在低温如10℃生长较好，111株(41.4%)可在48℃生长良好。大部分分离株(82.8%)具有β-溶血环或微弱局限溶血环,也有46株(17.2%)不溶血。16株苏云金芽孢杆菌的ces和cytK1均为阴性，87.5%的苏云金芽孢杆菌同时携带有cytK2、nheB和hblC。蕈状芽孢杆菌毒素基因均为阴性，但具有β-溶血环。37株(13.8%)蜡样芽孢杆菌含有ces基因，分布在15个省市地区，比国外的蜡样芽孢杆菌ces检出率高许多。这些ces阳性株携带肠毒素的情况是：cytK1和hblC均为阴性，只携带cytK2和/或nheB基因,，值得注意的是有35株(94.6%)ces和nheB同时存在，高于nheB在蜡样芽孢杆菌分离株中的检出率75%。多数可在10～48℃生长良好。经过HPLC-MS分析，凡含ces基因阳性的蜡样芽孢杆菌其呕吐毒素cereulide也能检出高峰值，反之，ces阴性菌株其cereulide未检出。化学定量分析和PCR结果能互相印证。