达赖转世系统并不是藏传佛教中最早形成的活佛转世系统，但却是对藏族文化及藏民族文化心理最具影响力的活佛转世系统。在达赖转世系统形成初期，格鲁派始祖宗喀巴以师徒相承方式解决格鲁派寺院寺主的继承问题，但由于噶玛噶举派、止贡噶举派等教派势力及其世俗支持者仁蚌巴地方政权、辛夏巴及藏巴汗政权强力压制，达赖转世系统的形成过程颇为曲折。一世达赖喇嘛根敦主巴身前虽曾向人询问过前身后事，但其并未就转世问题给予明确指示，更未将活佛转世制度与扎什伦布寺寺主传承牵上任何关系，而后其转世根敦嘉措在扎什伦布寺的遭遇，此即为根本缘由之一。二世达赖喇嘛根敦嘉措通过辛勤传法而换来的成就，既在很大程度上证实了自身的转世活佛身份，又使由源自根敦主巴这一系转世系统顺利延续，并使索南嘉措处权威身份成长于格鲁派。所以二世达赖喇嘛根敦嘉措在达赖转世系统的形成过程中起着“承上结下”的关键作用。三世达赖喇嘛索南嘉措所面临的局势更为严峻，格鲁派的世俗支持者帕竹政权的彻底衰落，使索南嘉措最终远游蒙古传法。不过正是由于索南嘉措的蒙古传法，才使得索南嘉措及其所传承的达赖转世系统为时人所皆知。达赖转世系统的形成，是藏传佛教及西藏历史上的大事，对格鲁派与之后西藏地方政局的发展，以及藏汉蒙民族间民族关系都产生了深远的影响。