为了分析长江口整个水域的浮游动物的分布特征，对长江口不同水域进行比较，揭示在长江口的复杂水文条件下不同水域浮游动物的生态特征和群落的特殊区分，本研究对长江口南支、北支、北港和长江口外水域的浮游动物种类组成及群落结构特征等方面进行分析比较。结果显示，春秋季时各水域水温差异不大，但盐度差异明显。春季时，长江口水域共出现浮游动物27种，北港水域平均多样性为各水域最低，种类数和多样性指数分布以长江口外为高值区，口内各水域相对较低。南支和北支之间的站位平均种类数及多样性在春季差异均不显著（P>0.05）。由于种类数最少，且最主要优势种的丰度百分比高达91.10％，导致春季时北港的多样性最低。南支、北支、北港三个水域的最主要的优势种相同，长江口外水域的优势种为虫肢歪水蚤（Tortanus vermiculus）和真刺唇角水蚤（Labidocera euchaeta）等。秋季时，长江口共出现浮游动物71种，长江口外水域的站位平均种类数为四个水域最高，且与其他水域之间有显著性差异（P<0.05），同春季一致，且各种类丰度分布平均，因此多样性最高。秋季各水域优势种差异明显，较春季时而言较易区分，其中南支水域关键种类为汤匙华哲水蚤(Sinocalanus dorrii)，其优势度为0.93，出现率为100%，而其他水域的优势种丰度百分比均不超过30%。种类少而优势种单一，因此秋季时南支水域的多样性最低。　　至于群落相似性划分方面，春季时，长江口水域在40%相似性程度上可以明显分为长江口外和口内两个群落，分别记为群落 I、II。长江口外水域群落 I受外海水团和长江径流的影响，浮游动物以近海种、沿岸种和河口种为主，例如为中华哲水蚤（Calanus sinicus）、真刺唇角水蚤、虫肢歪水蚤。长江口内群落II在63%相似性上可以分为II-1、II-2和II-3群落。受长江径流的影响，口内水域的群落种类生态类群以河口种为主，主要优势种虽然都是中华华哲水蚤(Sinocalanus sinensis)，但是中华华哲水蚤丰度有所差异，北港水域的群落 II-1、北支水域的群落 II-2和南支水域的群落 II-3的中华华哲水蚤丰度分别为367.76ind./m3、59.18 ind./m3、151.14ind./m3，由此引起了此三个水域的群落差异。秋季，由于外海势力和长江径流都增大，影响不同水域的水团差异更大，各水域之间群落差异较为明显。长江口水域可在30%的相似性上明显分为III、IV、V、VI四个群落，其中，北港水域群落III以河口种为主，主要种类为虫肢歪水蚤，丰度为3.08ind./m3。北支水域群落IV因受长江径流影响较小，盐度较高，以沿岸种为主，主要种类为针刺拟哲水蚤（Euconchoecia aculeata），丰度为4.97ind./m3。长江口外水域群落V受外海水团和台湾暖流的影响及携带作用，以外海种（亚强次真哲水蚤（Subeucalanus subcrassus）等）和近海种（中华哲水蚤等）为主。而由于长江径流的影响和本身淡水水质，南支水域群落VI以淡水种为主。研究表明，种类数和种类丰度百分比是直接影响多样性的重要因素。盐度差异和不同水团作用是影响长江口不同水域生态特征和群落差异的主要因素，悬沙浓度等因素也对其有一定影响。相比较于长江口内不同分支之间的差异性而言，长江口外水域和口内水域之间的差异更为明显。