‘南通小方柿’内参基因筛选及赤霉素相关基因表达分析

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‘南通小方柿’(Diospyros kaki Linn.cv.Nantongxiaofangshi)具有明显矮生性状,主要表现为干性弱、没有明显中心干且树姿开张,是一种适于矮化密植栽培的优良柿品种。因此,‘南通小方柿’矮化相关基因的挖掘,对柿及其他果树矮化育种研究具有重要意义。目前,柿属植物中与赤霉素相关的矮化研究较少,本研究基于转录组数据,通过基因功能注释比对,随机选取‘南通小方柿’中30个与赤霉素信号转导通路和代谢途径相关的基因,并比较了这些基因在‘大方柿’和‘南通小方柿’不同物候期的表达特性,初步筛出差异基因;同时于生长期对‘大方柿’和‘南通小方柿’进行了赤霉素(GA3)和多效唑(PP333)叶面喷施处理,并测定了处理后叶片内源激素的含量,比较了它们一年生枝节间长度和节间数量,最后分析了以上差异基因在两个品种中对外源生长调节剂响应的表达差异;本研究还对柿内参基因稳定性进行了评估,筛选出了适于RT-qPCR的柿内参基因,并用于赤霉素相关差异基因的筛选与表达分析。主要研究结果如下:1.柿内参基因表达稳定性的评价以‘南通小方柿’为材料,利用转录组数据对13个候选内参基因进行了克隆,并通过两种统计学软件(geNorm和NormFinder)对其在非生物胁迫和激素处理下的表达稳定性进行了评估。结果表明:在所选择的整个样品中表达最稳定的内参基因是UBC和GAPDH,而非柿子中常用的内参基因ACT;UBC、RPII和TUA在非生物胁迫下表达稳定性较强,而在激素处理条件下,内参基因α-TUB和PP2A的表达是最稳定的。另外,CYP、GAPDH、TUA和UBC等4个基因中的任意两个基因可作为高温处理下的最适内参组合;TUA、UBC和CYP中的任意两个可作为低温处理下的最适内参组合;UBC与TUA或PP2A组合可作为盐胁迫下最适内参组合;RPL13和PP2A是GA处理下最稳定的内参基因;TUA和SAND适用于脱落酸(ABA)处理;UBC与CYP或α-TUB组合适合于水杨酸(SA)处理。2.赤霉素相关差异基因的筛选与表达分析在30个赤霉素合成代谢途径相关基因中,通过常规PCR检测到22个基因有表达。在不同物候期表达特性分析中,两个品种中与赤霉素途径相关的差异基因有14个。其中,在‘大方柿’中的表达量始终明显高于‘南通小方柿’的有Unigene7595、Unigene18861、Unigene34904、Unigene11769、CL1455.Contig1 和 Unigene2304 等 6个基因;在‘大方柿’中的表达量均始终低于‘南通小方柿’的有Unigene20143和CL628.Contig2 等 2 个基因;其余基因 CL452.Contig2、CL452.Contig3、Unigene25672、CL4153.Contig2、CL4170.Contig4 和 CL7393.Contig4 的表达量,以花期为转折点:花前,‘大方柿’高于‘南通小方柿’;花后,‘大方柿’低于‘南通小方柿’。同时为了深入探索矮化品种‘南通小方柿’的矮化表型形成的调控机理,于生长期对‘大方柿’和‘南通小方柿’进行了赤霉素(GA3)和多效唑(PP333)叶面喷施处理,并测定了处理后叶片内源激素含量,比较了它们一年生枝节间长度和节间数量,最后分析了以上14个基因在两个品种中对外源生长调节剂响应的表达差异。外源GA3处理后,两品种中内源GA含量变化最为显著,‘南通小方柿’内源GA含量升高了 46.6%高于‘大方柿’44.7%,植株新梢相对生长量也表现出相同趋势;外源PP333处理后,两品种中内源GA含量变化最为显著,均呈下降趋势。但‘大方柿’内源ABA呈明显上升趋势,两品种新梢生长量均低于对照且‘大方柿’处理组与对照组差异更显著。推测认为:与‘大方柿’相比,‘南通小方柿’新梢生长对外源赤霉素的响应程度较高,而对外源多效(?)的响应程度较低。另外,我们发现上述13个基因(CL7393.Contig4未检测到表达)在两品种处理组均表现出了一定差异性,其中包括分别同源于KO、KAO和GA20ox的基因各 1 个(Unigene7595、Unigene18861 和 Unigene34904)、同源于 GA2ox 的 3个基因(CL452.Contig2、CL452.Contig3 和 Unigene25672)、同源于 GA 受体 GID1的基因(Unigene2304)以及6个同源于DELLA蛋白的基因(Unigene20143、Unigene11769、CL1455.Contig1、CL628.Contig2、CL4153.Contig2 和CL4170.Contig4)。
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