我国高校教育投入的加大与资源的严重浪费并存的现状要求加强对高校教育资源的管理,提高高校成本效率。对高校成本效率进行研究,了解现状,找出高校办学过程中存在的问题,能够为合理的教育管理活动提供有力依据和方法借鉴,促进高校教育资源发挥最好的效益,意义重大。本文以随机边界分析法为基础,分析高校的投入产出,在考虑高校产出的异质性与投入价格指标的基础上,建立了高校成本效率评价模型,运用超越对数成本函数测算中国教育部直属高校的成本效率,揭示高校产出与成本之间的变动关系。在此基础上,运用SPSS回归分析无效率变量对成本效率的影响程度,找出高校成本效率的影响因素。结果发现：(1)我国教育部直属高校间接近39%的成本筹别是由成本无效率造成的。近年来教育部直属高校的成本效率处于下降趋势。在教育部直属高校中,东部地区高校的成本效率值最高,西部次之,中部最差。(2)教育部直属高校的产出项明显影响高校的成本支出。在科研产出项中,高校的课题数量显著影响高校的成本支出。本专科生与博士研究生具有成本互补性。硕士研究生与科研产出具有成本互补性。(3)在效率外部影响因素中,高校的办学地点、重点与否显著影响高校成本效率。相较于东部地区,中西部地区高校对成本的控制能力要稍弱一些。“985”高校比非“985”高校的成本效率更高。(4)在内部影响因素中,教学人员的职称结构、教职员工的比例、学生结构以及学校的办学条件都显著影响高校的成本效率。本文的主要创新点在于：一是构建了包含高校产出的质量特征与投入价格指标的高校成本效率评价指标体系；二是借鉴了银行、保险业等非竞争性企业成本效率的测度方法,利用随机前沿分析法测算了68所教育部直属高校的成本效率