西瓜（Citrullus lanantus）作为世界重要的经济作物之一,在全国各地广泛栽培,西瓜味美清爽,富有较高的营养价值,是人们夏天降热补水的重要水果型蔬菜。随着人们生活水平不断提高,瓜果品质也成为人们关注的一个焦点问题。西瓜常见的果肉颜色为红色,特殊果肉颜色西瓜具有一定的经济价值。绿色果肉西瓜在市场上很少见。研究发现绿肉西瓜主要积累了叶绿素,叶绿素已被证明具有抗氧化和抗突变活性,并具有调节异生物代谢酶和诱导凋亡事件的作用。所以开展绿色果肉西瓜相关研究,对于改良西瓜种质资源、丰富西瓜果肉颜色及营养价值具有一定的指导意义。本研究以绿色果肉西瓜ZXG01555为母本,浅黄色果肉西瓜COS为父本,杂交获得F₁代,F₁经自交得到F₂群体,在此基础之上对绿色果肉的遗传规律进行分析,同时在F₂代分离群体中选择绿色果肉和浅黄色果肉两种极端表型性状各20株,提取单株DNA等量混合构建绿色和浅黄色基因池进行混池测序,根据BSA分析结果获得控制西瓜绿色果肉性状基因所在的染色体区段,在目标染色体区段内开发CAPS及LGC-KASP标记,利用具有多态性的标记和89个F₂代单株构建遗传连锁图谱,结合田间表型数据,对西瓜绿色果肉性状进行QTL分析。本研究结果可为西瓜果肉颜色种质改良提供一定的理论依据。本研究主要结论如下:1、在遗传群体中,F₁代田间表现为黄色果肉,F₂代群体中浅黄色果肉（31株）、中间型（23株）、绿色果肉（35株）,田间表现为连续性变异,通过F₂代群体分离情况可知,西瓜绿色果肉性状受多基因控制,黄色对绿色为不完全显性。2、BSA及分子标记结果为:在西瓜10号染色体763,080bp～2,682,827bp（约1.92Mb）区域存在一个与西瓜绿色果肉相关的主效基因,在候选区域内共设计了40对CAPS引物,获得多态性引物17对,选择效果较好13对引物对F₂群体各单株进行基因分型。利用表型数据（果肉颜色和果肉叶绿素含量）结合QTL Ici Mapping软件进行OTL分析,结果表明:两种表型数据的QTL分析结果一致,将控制西瓜绿色果肉QTL位点qsc-2与控制叶绿素含量的QTL位点qfc-1均定位在标记W-10-9与W-10-10之间,位点qfc-2遗传距离为3.09c M（约426kb）,LOD值为5.82,贡献率为25.83%,位点qfc-1的LOD值为14.04,贡献率为50%。3、在候选区域（1,339,253bp-1,766,185bp）内共发现22个基因,其中5个基因功能未知,有4个基因（Cla97C10G186270、Cla97C10G186230、Cla97C10G186170、Cla97C10G186150）在西瓜果实色素的代谢中发挥重要作用,因此推断可能与西瓜绿色果肉形成相关。4、针对Cla97C10G185970基因,选择SNP突变上下游各100-200bp序列信息设计2对LGC-KASP标记,结果表明基因型与表型部分吻合,符合率为84.5%,可以解释部分表型变异。