上海近年来实现了经济较高速度增长以及研发投入的持续增加,但与深圳相比,在体现科技创新实力的指标上相距甚远,这可称为科技创新中的“上海悖论”。本文从上海全要素生产率增长、PCT国际专利申请、地均GDP和人均GDP等方面描述了“上海悖论”现象,并通过灰色关联度分析、相关性分析、一元线性回归和Granger因果关系检验验证了“上海悖论”现象的存在。虽然从现象上看,“上海悖论”与科技创新中的“瑞典悖论”和“索洛悖论”具有一定的相似性,但由于“上海悖论”产生的根源主要在于上海市场化改革不到位、广泛存在的行政化以及地方经济对房地产的过度依赖等,这不仅使基于市场机制的政产学研合作难以广泛深入开展,也使国有企业、民营企业等创新主体的创新意愿和创新能力不足。企业介入基础理论研究并以龙头企业牵头组建各类科研联盟,进而形成多层次协同创新网络,这是以ICT为基础的第三次工业革命或新工业革命对科技创新模式所提出的关键要求,这一要求已经被美国走出“索洛悖论”的经历以及硅谷、亚特兰大和深圳等地的经验所证明。强调“政府主导”加“国家队”和“国际队”的“上海模式”已经难以适应新的科技创新模式的发展需要,迫切需要通过深化改革来奠定形成新的科技创新模式的基础。本文建议:进一步推进市场化改革,使上海的科技创新存量资源和增量资源能够融为一体;进一步夯实上海实体经济的发展基础,使上海的各项政策能够铆牢科技创新这根发展主线;进一步推进自主发展型社会组织的发展,使上海的政产学研资源能够融入并引领不同层次的协同创新网络的扩展;进一步推进上海新创企业国际化发展水平,使上海本土企业在全球高科技产业化中占有一席之地。