科技创新是一个国家或地区实现经济又好又快发展和产业结构升级的关键所在。福建省位于东南沿海地区,衔接长三角、珠三角地带,毗邻台湾岛,其经济、科技发展水平的提高对完善国家区域战略部署,推动两岸交流合作意义重大。加强自主创新能力,建设创新型省份是福建省实现经济发展方式从要素驱动向创新驱动转变,增强地区竞争力的重要途径。作为全社会科技支出的重要组成部分,财政科技支出对引导全社会科技活动,提高地区经济、科技发展水平具有重要意义,而绩效评价则是保证财政科技资金高效运行的重要手段。在借鉴其他学者相关研究的基础上,本文从经济性、效率性和有效性三个方面来评价福建省九地市财政科技支出的绩效水平。本文在分析财政科技支出绩效评价相关理论的基础上,立足于福建省九地市财政科技支出的现状,采用层次分析法(AHP)来构建具体的绩效评价体系。通过对九地市财政科技支出绩效水平的比较分析,找出其中的绩效问题,分析其成因,并提出相应的对策建议。从绩效评价结果来看,福建省九地市财政科技支出绩效主要存在地市差异较为明显和绩效水平普遍不高两个问题。主要原因有:九地市社会经济发展水平、科技资源分配、社会历史条件和自然地理条件等方面存在差异以及九地市财政科技支出的规模相对有限;科研基础相对薄弱;社会参与度相对不足。针对上述的绩效问题和原因分析,本文从提升与优化福建省九地市财政科技支出绩效两个角度出发,提出相应的解决思路。在提升九地市财政科技支出绩效方面:首先,要提升九地市财政科技支出的经济性。加大财政科技支出力度,扩充科技投入渠道,完善财政科技支出结构;其次,要提升九地市财政科技支出的效率和效益。建立健全绩效评价制度,优化科研创新环境,建设科研创新平台,培养科研创新人才,提高公众科学文化素质。在优化九地市财政科技支出绩效方面:首先,要加大对欠发达地市的财政转移支付力度;其次,要加强科技交流与合作。