目前针对赣江下游河湖交错带微生物群落分布及影响因子的研究较少。本文选取赣江下游河湖交错带比较代表性的区域作为研究地段,设置5个采样区,在丰水期和枯水期分别在表层和中底层混合采样,通过对水体微生物的分析,探讨赣江河湖交错带丰水期和枯水期微生物群落的分布及其影响因素,为赣江下游河湖交错带的水环境监测、水域生态系统的保护提供依据。本文通过高通量测序对微生物丰度、多样性及分布规律及其与环境因子之间的响应进行了分析研究,得到以下结果:1、赣江下游河湖交错带在枯水期共检测出有效序列数159946条,序列的平均长度为445.49bp,得到1587个OTUs;丰水期共检测出有效序列数156399条,序列的的平均长度为438.74,得到2380个OTUs。2、高通量测序数据表明枯水期微生物群落组成在5个采样区中共发现28个门分类水平上的微生物群落,优势菌门分别为变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门放线菌门、蓝藻菌门,疣微菌门,共发现301个属分类水平微生物群落;丰水期共发现34个门分类水平上的微生物群落,优势菌门为变形菌门、拟杆菌门、放线菌门、蓝藻菌门、疣微菌门、绿弯菌门,共发现414个属分类水平的微生物群落。无论在在枯水期还是丰水期变形菌门都是最大的优势菌门、蓝藻菌门下的Cyanobacteria_norank都是较大的优势菌属。3、赣江下游河湖交错带在枯水期和丰水期都有很高的微生物丰度和多样性。丰水期的微生物群落丰度和多样性高于枯水期。4、赣江下游河湖交错带在枯水期和丰水期的微生物群落的空间分布差异并不显著,小尺度的空间距离对微生物群落组成分布的影响小于理化指标的影响5、影响赣江下游河湖交错带微生物群落分布的主要环境因子为总氮、水温、pH值。部分微生物对重金属都有一定的耐受力如汞离子与拟杆菌门。影响微生物群落分布的不是单一因子,而是多个因子的共同影响。