中国西南山区作为世界34个生物多样性热点地区之一，因其特殊的地理环境，气候等原因，使得该地区具有非常丰富的自然资源和生物种类。研究该地区的硅藻生物多样性，探索新种类，为中国及世界的硅藻分类、生态及生物地理学研究提供新资料。本文于2006-2010年分三次对中国西南山区的硅藻标本进行采集，通过细致的显微观察与鉴定，对中国西南山区硅藻植物进行了分类区系研究。结果如下:　　1.利用光学显微镜及扫描电子显微镜对采自西南山区的112号硅藻标本进行了观察并拍照。共鉴定有硅藻门植物204种32变种，隶属于3纲15目30科66属，其中中国新记录21种及变种，拟定新种4种。本文对所有种类进行了分类学的特征描述，提供了每个种类对应的光镜照片及部分种类的电镜照片，共附照片776张。　　2.对在中国西南山区发现的Halamphora属的种类做了详细的分类学研究，该属在西南地区共发现有10种。其中中国新记录种2种，新种4种。并对我国己报道的Halamphora属的种类进行了分类修订。　　3.中国西南山区硅藻种类丰富。本文对不同区域及生境下硅藻种类的组成和分布情况进行了分析比较。西南山区的硅藻植物，在属水平上的多样性较高，共观察到66属。中心硅藻纲Coscinodiscophyceae的种类最少，仅观察到5属9种;脆杆硅藻纲Fagilariophyceae的种类有11属23种及变种;杆状硅藻纲Bacillariophyceae的种类数量最多，观察到50属204种及变种。羽纹藻属Pinnularia的种类最多，有17种及变种，其次是舟形藻属Navicula有16种及变种，桥弯藻属Cymbella有15种及变种，喜盐双眉藻属Halamphora有10种及变种，菱形藻属Nitzschia和双菱藻属Surirlla各9种及变种。优势种类并不明显，偶见种居多。