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来自于生物体内部或外部的压力（包括物理的、化学的以及生物的）会造成各种各样的DNA损伤。DNA损伤的产生可导致机体的基因突变、衰老以及各类疾病，比如癌症。与常见的蛋白类抗原的抗体相比，很少有针对DNA损伤的高亲和力抗体被制备出来。由于缺乏特异性识别DNA损伤的高质量抗体，以往检测DNA损伤的方法绝大多数是一些间接的、使用大量DNA样本的或使用大剂量致损伤试剂对DNA造成损伤的检测方法。这使得有关DNA损伤以及损伤修复方面的研究受到了很大限制。这里，我们试图建立一个能够生产特异性识别DNA损伤的，高亲和力抗体的平台。我们利用细菌内膜展示系统对一个抗-(6-4)嘧啶光产物(6-4PPs，或X(6-4)X，X=T或C）的抗体64M-2的亲和力进行了优化。我们一共进行了两轮优化。第一轮优化采用含有多个6-4PP位点的长链探针，增加探针结合力，便于优化低亲和力抗体;第二轮采用含单一T(6-4)T的且化学结构明确的短探针，在继续提高亲和力的同时保证抗体的专一性。最终，我们得到一个高亲和力抗体9c3。 9c3抗体与5AGGT(6-4)TGGCAG3’的亲和力是64M-2与其亲和力的710倍。而且，与64M-2相比，9c3抗体与6-4PPs的结合几乎不依赖于6-4PPs周围的碱基序列。64M-2对6-4PPs周围的碱基具有极强的偏好性。所以，当我们检测基因组DNA中的6-4PPs时，9c3表现出了比64M-2更高的灵敏度，比使用单一探针进行检测时表现出的优势更加明显。我们用9c3抗体分别进行了酶联免疫吸附实验(ELISA)、免疫荧光实验以及流式分析实验来检测基因组DNA中产生的6-4PPs。结果显示，与目前应用最为广泛的试剂抗体64M-2以及与目前文献报道的与6-4PPs亲和力最强的抗体64M-5相比，9c3与6-4PPs的结合更加灵敏。64M-5也对6-4PPs周围的碱基具有很强的偏好性。使用9c3进行检测时，我们发现人成纤维细胞在6-4PPs的修复过程中存在两个阶段，而这一现象是使用64M-2检测时无法发现的。我们采用计算机对氨基酸突变位点进行结构分析，对不同的氨基酸突变是如何增加了抗体的亲和力以及如何降低了抗体与6-4PPs结合时对6-4PPs周围序列的依赖性等给予了解释。这一抗体进化平台可以被用于提高更多其他DNA损伤抗体的亲和力，从而为DNA损伤和修复研究提供更好的抗体工具。