蛋白质组学是当前生命科学领域研究的重要热点之一，它从整个蛋白质组水平上揭示生命过程和规律。蛋白质组的鉴定涉及了若干关键的技术平台，主要包括蛋白质的分离富集、蛋白质的分析和生物信息学研究，蛋白质组的鉴定为蛋白质结构、翻译后修饰、以及蛋白质相互作用等方面的研究提供了重要基础。本课题则针对蛋白质的分离富集、蛋白质修饰的分析以及蛋白质相互作用等关键技术环节，进行了新的探索性研究。本研究分为三个部分：　　 第一部分以组蛋白作为目标蛋白，建立了一种基于适配体技术分离富集组蛋白的新方法。该方法较以往的技术更为简便，具有较好的组蛋白识别功能，且能够直接从复杂的细胞裂解液中提取组蛋白的成分。此外，该方法能够与质谱技术很好的结合用于组蛋白翻译后修饰的鉴定研究。　　 第二部分以酵母蛋白激酶为目标蛋白，运用基于质谱的蛋白质组学方法系统地分析了激酶蛋白半胱氨酸残基上的各种修饰形式。第一，我们探索性地揭示了5种主要的体外修饰形式产生的机理和原因；第二，发现了3种潜在的翻译后修饰；第三，利用质谱解析和生物信息学分析在半胱氨酸残基上发现了28种未知修饰形式。我们的初步研究不仅扩展了目前已知的半胱氨酸残基的修饰形式，而且为揭示蛋白激酶新的信号转导功能和新的修饰形式的提供了线索。　　 第三部分以食管癌细胞中与肿瘤侵袭密切相关的细胞骨架结合蛋白Ezrin为目标，运用体内同位素标记定量方法(SILAC)结合生物信息学分析，鉴定了两种不同侵袭水平的食管癌细胞中，可能与Ezrin存在相互作用的所有蛋白及其差异性表达情况，并从细胞组成、生物过程、分子功能等不同水平上对Ezrin的结合蛋白进行了生物功能的分析，探讨了Ezrin结合蛋白与食管癌侵袭程度的相关性。