在知识经济时代,科学技术以空前的规模和速度发展,各国都在努力把握机遇,纷纷制定各种科技政策,力争在科技的竞争中取得先机。其中,科学基金制度是各国政府支持科学技术发展的最好形式。许多国家和地区都非常重视实施科学基金制度,并且一直都致力于提高科学基金项目的管理水平。近年来,科学基金项目评审与选择有关的问题受到了广泛关注,出现了一些研究成果,然而,目前这些研究成果尚未形成系统的研究体系,一些问题如评审专家的选择及分组、申报项目的分组及指派问题等仍缺乏足够的重视。鉴于此,本文对科学基金项目评审与选择进行了系统的分析,提炼出若干决策问题,引入了数学建模以及智能优化等理论,提出了若干决策方法。本文的主要创新性研究工作如下：(1)提出了科学基金项目评审专家的评价与选择方法。首先,结合已有研究成果,提出了一套评价评审专家的指标体系,进而给出了评价方法。其次,借鉴国际上一些科学基金组织的管理经验及相关领域的研究成果,分别从侧重考虑专家水平以优先选择高水平专家以及偏重考虑专家背景的多样性以尽量消除评审偏见并获得广泛的评审意见这两个角度,建立了相应的数学模型,设计了求解算法,并给出算例说明方法的使用。本文提出的评价方法具有实用性和可操作性,而提出的选择方法则弥补了目前研究成果中缺乏明确选择方法的不足。(2)提出了科学基金项目评审专家的分组方法。首先,提出了评审专家的分组问题,并在对该问题分析的基础上,提出三条评审专家分组的决策规则,探讨了评审专家评审尺度的分析与度量方法,建立了评审专家分组的数学模型,并设计了一种求解此类问题的混合分组遗传算法,通过大量仿真试验验证了该方法的有效性,通过算例说明了方法的实用性。科学基金项目评审专家分组问题的提出,从一个新的视角探讨了科学基金项目评审中可能存在的决策问题,从而丰富了相关研究。(3)提出了科学基金申报项目的分组方法。首先,对科学基金项目评审中的申报项目分组决策过程进行分析,提出了三条申报项目分组的决策规则,并采用特殊的约束条件表达方式,构建了一个申报项目分组的多目标优化模型,开发了一个针对此类问题求解的遗传算法。本文提出的科学基金申报项目的分组方法,不仅可以促进申报项目的合理及快速分组,方便了科学基金管理部门的项目评审工作,也有利于促进科学基金项目评审工作的公平、公正和客观。(4)提出了科学基金申报项目的指派方法。首先,针对研究领域匹配的共性问题,提出了一种度量申报项目和评审专家研究领域匹配度的方法；其次,针对申报项目-评审专家的指派问题,重点考虑研究领域匹配因素,建立了申报项目-评审专家指派的网络模型,并讨论了相应的求解算法；继而,针对申报项目组-评审专家组的指派问题,在评审专家与申报项目合理分组的前提下,以高指派效率为侧重点,建立了申报项目组-评审专家组的指派模型,讨论了相应的求解方法；针对指派过程中的冲突,提出了相应的冲突和协调办法；最后,通过对两种指派方法的对比,明确了方法的适用情形。申报项目指派问题的解决,提高了科学基金项目评审工作的效率,有助于进一步促进评审工作的公平、公正和客观。(5)提出了科学基金项目选择的两阶段综合集成方法。首先,分析了我国科学基金项目管理中基金项目评审结果的四种可能情况,在此基础上构建了用以改进现行方法的科学基金项目选择两阶段方法框架,其主要思路是在第一阶段对项目进行通讯评议,在第二阶段对项目进行会议评议,然后对两阶段的评价结果进行综合集成,根据集成结果并结合前两阶段的评价结果,考虑多种情况,对项目进行选择。两阶段综合集成项目选择方法的提出,可以充分利用通讯评议阶段和会议评议阶段专家给出的评价信息,因而使最终的项目选择决策更为科学和合理。