民间组织与政府的关系构建既是国家与社会关系理论研究领域的重要问题，也是中国整体社会变迁中的重要问题。当前，从社会问题角度看，民间组织与政府关系是一个民间组织如何发育，提供公共服务的问题；从政治及行政改革的角度看，民间组织与政府的关系问题又涉及到限制政府权力扩张、缓和社会矛盾以及促进政府职能转变等一系列的问题。通过社会管理的创新，既可以增强解决各种社会问题的能力，又能缓减公共服务之不足，以便维护社会稳定并促进社会和谐。在社会管理创新的背景下，民间组织如何协调政府进行社会管理成为一个极为重要的现实问题。民间组织协同政府管理研究主要通过案例研究法，并辅之以统计分析、系统分析等方法，从八个部分对社会管理创新中的民间组织与政府协同问题进行研究。第一部分结合国内外民间组织研究的基本理论提出民间组织协同政府管理的思想，并对民间组织以及社会协同的概念进行界定。第二部分介绍和分析当前社会管理创新背景下民间组织发展现状，并阐述存在的问题，分析得出产生问题的原因是民间组织与政府关系的不和谐。第三部分阐述民间组织协同政府管理的必要性及民间组织协同管理对社会管理格局改善、政府与民间组织关系建设、政府管理社会能力提高和社会稳定的重要意义。第四部分描述民间组织的协同现状，指出民间组织协同管理面临着体制与制度、行政职能、民间组织自身能力、传统行政文化等障碍的影响。并研究得出障碍的形成原因是政府体制不完善、民间组织内部管理结构问题以及缺乏多元共治的思想意识。第五部分针对协同障碍，提出应以分类混合协同方式为原则，把职能界分、放松管制、多元共治作为实现途径，促进社会协同作用的发挥。第六部分提出民间组织协同政府管理具体的措施手段。应通过调整法律和制度，转变政府职能，完善管理体制，实施经济社会政策扶持，建立民间组织自律机制，构建多元化的社会监督体系等具体方式或手段促进社会协同局面的形成，为具体的社会管理创新层面提供新思路，新方法和新手段。第七部分以南京市行业协会的发展为案例，分析南京市行业协会的协同现状，障碍以及原因，并提出具体的改革措施，将民间组织协同政府管理研究运用到实际中。第八部分对整体研究进行总结阐述。通过研究，对民间组织该如何协同政府进行社会管理和服务做出全面的梳理分析总结，以社会协同的新视角摆脱政府与社会对抗性思维的歧途和相互合作缺乏实践途径的弊端，探索民间组织与政府协同管理的途径、方式和手段，为政府在社会管理上提供可借鉴且具有操作性的对策和措施，为民间组织与政府的和谐关系做出贡献。